结论：小区居民楼内有工商营业执照开小商店，已经有两三年，是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
从工商营业执照的角度：
- 如果该小商店已经依法取得了工商营业执照，并且该执照在有效期内，且经营项目与执照上登记的项目相符，那么从工商管理的角度来看，它是合法的。工商营业执照是商家合法经营的凭证，只要证件齐全且有效，就可以正常经营。
从居民楼使用性质的角度：
- 居民楼的设计初衷主要是为了居住，而非商业经营。如果小区居民楼的使用性质并未被规划为商业用途，那么在其中开设小商店可能违反了城市规划或房屋管理的相关规定。这种情况下，即使小商店有工商营业执照，也可能因为违反了房屋使用性质的规定而面临合法性挑战。
- 具体来说，需要查看当地的城市规划法规、房屋管理条例以及小区的物业管理规定等，以确定在居民楼内开设小商店是否被允许。如果相关法规或规定明确禁止在居民楼内进行商业经营，那么该小商店就可能面临被取缔或处罚的风险。
从邻里关系和社区和谐的角度：
- 除了法律层面的考虑外，还需要考虑邻里关系和社区和谐。在居民楼内开设小商店可能会带来噪音、人流增加等问题，对周边居民的生活造成一定影响。因此，即使从法律角度来看是合法的，也需要考虑是否得到了周边居民的同意和支持。
建议：
- 如果您是该小商店的经营者，建议您先查看当地的城市规划法规、房屋管理条例以及小区的物业管理规定等，以确定在居民楼内开设小商店是否被允许。同时，也可以与周边居民进行沟通协商，争取得到他们的理解和支持。
- 如果您是周边居民，对小商店的经营有异议或担忧，可以先与经营者进行沟通协商，看是否能够达成共识。如果协商无果，可以向当地的城管部门、房屋管理部门或社区居委会等反映情况，寻求帮助和解决方案。
后续行动：
- 如果您需要更具体的法律建议或帮助，比如如何查看相关法规、如何与经营者或相关部门沟通协商等，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，提供更详细和专业的法律建议。