结论：对方企业正在申请营业执照作废，并不影响你对其提起诉讼的权利。但具体诉讼策略和可能面临的法律后果，需根据对方企业的实际状态及案件具体情况来分析。

分析说明：

1. 营业执照作废的法律含义：

   • 营业执照作废通常意味着企业因某种原因（如未按规定年检、被吊销等）被工商行政管理部门注销或撤销其经营资格。但这并不等同于企业法人资格的消灭，企业法人资格的消灭需要经过清算、注销等法定程序。
   • 在营业执照作废但企业法人资格尚未消灭的情况下，企业仍可能作为诉讼主体参与诉讼。

2. 起诉的权利不受影响：

   • 无论对方企业的营业执照是否作废，只要你认为其侵犯了你的合法权益（如合同违约、侵权等），你都有权向法院提起诉讼。
   • 诉讼的目的是为了维护你的合法权益，而对方企业的营业执照状态并不构成你提起诉讼的障碍。

3. 诉讼策略与法律后果：

   • 诉讼策略：在提起诉讼前，你需要收集充分的证据来支持你的主张，并考虑对方企业的实际状态（如是否仍在经营、是否有可供执行的财产等）来制定合适的诉讼策略。
   • 法律后果：如果对方企业确实存在违法行为且你有充分的证据支持你的主张，法院可能会判决对方企业承担相应的法律责任（如赔偿损失、履行合同等）。但如果对方企业已经破产或无可供执行的财产，你可能会面临执行难的问题。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果对方企业正在申请营业执照作废是因为被吊销或注销，且已经进入了清算程序，你可能需要作为债权人参与清算程序来维护自己的权益。
   • 在某些情况下，如果对方企业的营业执照作废是由于违法行为导致的，你还可以考虑向相关行政管理部门举报或投诉，以寻求行政救济。

行动建议：

• 在提起诉讼前，建议你先咨询专业律师（即我，董飞律师，专注于股权转让、刑事辩护领域），对案件进行全面评估和分析，以制定合适的诉讼策略。
• 收集并整理好与案件相关的所有证据材料，包括合同、交易记录、沟通记录等，以便在诉讼中充分证明你的主张。
• 关注对方企业的实际状态和财产情况，以便在诉讼中采取有效的执行措施来保障你的权益。

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