中信信用卡逾期两天先还5000元，在大多数情况下不会对个人征信产生不良影响，但具体还需根据以下情况综合判断：
还款宽限期的影响：
- 中信银行为信用卡持卡人提供了3天的还款宽限期。这意味着，在到期还款日后的3天内还款，银行将视为按时还款。因此，如果逾期两天仍处于宽限期内，且您已经还清了5000元（假设这5000元足够覆盖最低还款额或全部欠款），那么银行不会将这次还款视为逾期，也不会在个人征信报告中留下不良记录。
还款金额是否足额：
- 需要注意的是，如果逾期两天时还款金额低于最低还款额，即使处于宽限期内，银行也可能视为逾期还款，并有可能上报征信系统。因此，在还款时，请确保还款金额足够覆盖最低还款额或全部欠款，以避免不必要的征信影响。
银行系统或政策调整：
- 虽然罕见，但如遇到银行系统故障或政策临时调整且未及时通知持卡人，导致还款未及时入账，也可能对征信产生影响。不过，这种情况较为特殊，且银行通常会采取相应措施来减少对持卡人的影响。
个人信用记录的综合考量：
- 个人信用记录受多种因素影响，包括历史还款记录、负债情况、信贷产品使用情况等。即使只是短期逾期，如果之前已有多次不良记录或当前负债较高，也可能对个人信用产生更显著的影响。因此，保持良好的信用习惯至关重要。
建议与措施：
- 尽快确认还款情况：在还款后，建议您通过中信银行信用卡APP、网银或客服电话确认还款是否已成功入账，以及是否产生了逾期记录。
- 与银行保持沟通：如果您对还款情况有任何疑问或担忧，可以拨打中信银行信用卡客服电话，向客服人员说明情况并寻求帮助。
- 关注个人征信报告：担心信用记录受影响时，您可以联系当地人民银行查询个人信用报告，以了解自己的信用状况。如果发现错误或异常记录，可以及时向征信中心提出异议申请。
- 建立良好的信用习惯：按时还款、合理使用信贷产品是维护良好信用的关键。建议您设置自动还款提醒或定期查看账单，以确保按时足额还款。
总之，中信信用卡逾期两天先还5000元在大多数情况下不会影响征信，但具体还需根据还款金额、银行政策以及个人信用记录等因素综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。