正规工商合同中是可以约定百分比形式的条款的，但具体是否合法有效，需结合合同内容、目的及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、百分比条款的合法性基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同内容，包括以百分比形式约定权利义务。这种约定只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。

2. 常见百分比条款类型：在工商合同中，百分比条款常见于利润分配、违约金计算、股权比例、投资回报率等场景。例如，双方可以约定按照投资比例分配利润，或者约定一方违约时需支付合同总金额一定比例的违约金。

二、百分比条款的有效性判断

1. 内容合法性：百分比条款的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，违约金比例过高可能导致条款被法院调整或认定无效。根据《民法典》及相关司法解释，违约金的数额应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，合理确定。

2. 意思表示真实性：百分比条款必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果一方在签订合同时存在重大误解或显失公平的情况，该条款可能被撤销或变更。

3. 条款明确性：百分比条款应当明确具体，避免产生歧义。例如，在约定违约金比例时，应明确是按日计算、按月计算还是按年计算，以及计算基数是合同总金额还是实际损失金额等。

三、百分比条款的实践建议

1. 合理约定百分比：在签订合同时，双方应根据实际情况合理约定百分比条款，避免过高或过低。过高可能导致条款无效或被法院调整，过低则可能无法起到约束作用。

2. 明确条款内容：百分比条款应明确具体，包括计算方式、计算基数、支付时间等。必要时，可以在合同中附上计算公式或示例，以便双方理解和执行。

3. 注意法律风险：在约定百分比条款时，双方应注意法律风险，特别是违约金比例、利润分配比例等敏感条款。必要时，可以咨询专业律师或法律顾问，以确保条款的合法性和有效性。

四、特殊情况下的百分比条款

1. 格式合同中的百分比条款：如果合同是格式合同（即一方预先拟定，另一方只能表示全部同意或者不同意的合同），那么百分比条款可能受到更严格的审查。根据《民法典》的规定，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款。如果格式条款中的百分比条款存在不公平、不合理的情况，可能被认定无效。

2. 涉及消费者权益的百分比条款：如果合同涉及消费者权益保护（如销售合同、服务合同等），那么百分比条款可能受到《消费者权益保护法》等法律的特别规制。例如，某些行业可能对违约金比例、手续费比例等有上限规定，超出部分可能无效。

总结来说，正规工商合同中是可以约定百分比形式的条款的，但具体是否合法有效需结合合同内容、目的及法律规定综合判断。如果你在签订或履行工商合同过程中遇到百分比条款相关的问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。