您好，关于摩托车有发票但不上牌会如何处罚的问题，这主要取决于摩托车的类型以及当地的交通法规。不过，我可以根据一般情况和相关法律法规给您一个详细的解答。

首先，无论是电动普通摩托车、电动轻便摩托车，还是传统的燃油摩托车，它们都属于机动车范畴（当然，电动自行车属于非机动车，但这里我们主要讨论摩托车）。根据《道路交通安全法》等相关法律法规，机动车上路行驶必须依法登记上牌，这是基本的交通法规要求。

对于未挂牌上路行驶的摩托车，处罚措施通常包括：

1. 罚款：驾驶电动摩托车、电动轻便摩托车未挂牌上路行驶的，一般可以处200元罚款。对于非机动车（如合标电动自行车，但此情况不适用摩托车）未挂牌上路行驶的，罚款金额可能较低，如50元，但摩托车作为机动车，罚款通常会更重。

2. 记分：除了罚款外，驾驶未挂牌的摩托车上路还可能被记分。根据具体违法情况和当地交通法规，可能会记9分或更多。

3. 扣留机动车：在严重情况下，如拒绝接受罚款处罚或存在其他严重交通违法行为，交通管理部门有权扣留机动车。

关于上牌的手续和流程：

• 您需要准备车辆合格证、机动车发票、车主身份证以及交强险等相关材料。
• 然后，您需要将这些材料带到就近的车管所或摩托车登记服务站进行注册登记。
• 在注册登记过程中，您的车辆还需要接受查验，以确保其符合上牌标准。

特别提醒：

• 购买摩托车时，请务必向商家索要购车发票和车辆合格证等必要材料，这是上牌的前提。
• 如果您遇到商家虚假宣传或拒绝开具购车发票等情况，可以向相关部门进行投诉，如拨打12315（消费者投诉热线）或12366（税务投诉热线）。

线上处理交通违法：

虽然您的问题主要关注上牌处罚，但我也想顺便提一下，如果您在外地或没时间去窗口办理交通违法处理，现在很多地方都支持手机线上处理。您可以通过支付宝或微信等平台搜索相关的交通罚没系统，按照提示进行操作即可。不过，这主要适用于非现场交通违法且罚款不超过200元的情况。

综上所述，摩托车有发票但不上牌上路是违法的，会面临罚款、记分甚至扣留机动车等处罚。因此，我建议您尽快按照当地交通法规的要求为摩托车办理上牌手续，以确保合法上路。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。