您好，关于您提出的“公积金被降低是否合法”的问题，这需要根据具体情况和相关政策法规来综合判断。
首先，我们要明确的是，公积金的缴存基数通常是职工本人上一年度的月平均工资，这个基数有一定的上下限规定，即不得低于市人力资源和社会保障部门公布的上一年度月最低工资标准，也不得超过市统计部门公布的上一年度全市在岗职工月平均工资的3倍。单位每个住房公积金年度可以对住房公积金缴存基数调整一次。
接下来，我们分析公积金被降低可能的情况：
正常调整：如果单位是按照政策规定，在每个住房公积金年度内，根据职工上一年度的月平均工资变化来调整公积金缴存基数，且调整后的基数仍然在规定的上下限范围内，那么这种调整是合法的。
违规调整：如果单位故意扣减职工的工资或奖金（如年终奖），导致职工上一年度的月平均工资大幅下降，进而降低公积金缴存基数，且这种扣减并非基于合理的业务原因或政策规定，那么这种调整可能是违规的。例如，您提到的案例中，单位扣减了职工的年终奖，并未将其并入计算缴存基数，导致公积金缴存基数大幅下降，这种行为就可能涉嫌违规。
政策性降低：根据住房和城乡建设部等部门的通知，为了减轻企业负担，增强企业活力，促进增加就业和职工现金收入，各地区可以结合实际情况，阶段性适当降低住房公积金缴存比例。但这种降低需要经过一定的程序，如由城市人民政府负责组织实施，并报住房公积金管理委员会批准等。如果单位是按照这种政策性降低来调整公积金缴存比例的，且程序合规，那么这种调整是合法的。
生产经营困难企业的降低：对于生产经营困难的企业，除了可以降低缴存比例外，还可以申请暂缓缴存住房公积金。但这也需要经过本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报城市住房公积金管理委员会批准后实施。如果单位是按照这种程序来降低或暂缓缴存公积金的，那么这种行为也是合法的。
综上所述，公积金被降低是否合法，需要根据具体情况和相关政策法规来判断。如果您认为单位的调整行为涉嫌违规，建议您先与单位进行沟通协商，了解调整的具体原因和依据。如果沟通无果，您可以向当地的住房公积金管理中心进行咨询或投诉，他们会根据相关政策法规来为您进行解答和处理。