结论：甲方扣押乙方租赁的物资是否违反规定，需结合具体情况判断，但通常情况下，甲方无权擅自扣押乙方租赁的物资，此行为可能构成违法。以下从不同角度进行分析：
一、从合同约定的角度
若补充协议中有明确约定：
- 如果双方在补充协议中明确约定了甲方在特定条件下有权扣押乙方租赁的物资，并且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么甲方在符合约定条件的情况下扣押物资，可能不构成违法。但即便如此，甲方也应严格按照协议约定的条件和程序进行扣押，不得超出约定范围或滥用权利。
若补充协议中无明确约定：
- 如果补充协议中没有约定甲方有权扣押乙方租赁的物资，那么甲方擅自扣押物资的行为就缺乏合同依据，可能构成违约。乙方有权要求甲方返还被扣押的物资，并可能要求甲方承担违约责任，如赔偿损失等。
二、从法律规定的角度
物权保护原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。乙方作为租赁物资的合法使用人，享有对物资的占有、使用等权益。甲方擅自扣押乙方租赁的物资，侵犯了乙方的物权，可能构成侵权。
租赁合同法律关系：
- 在租赁合同法律关系中，出租人（甲方）有义务按照约定将租赁物交付承租人（乙方）使用，并在租赁期间保持租赁物符合约定的用途。甲方擅自扣押租赁物资，违反了租赁合同的约定，也破坏了租赁关系的稳定性。
三、从实际操作的角度
协商解决：
- 在发生纠纷时，双方应首先尝试通过协商解决。甲方可以提出合理的解决方案，如要求乙方提供担保、支付违约金等，以替代扣押物资的行为。乙方也可以积极与甲方沟通，解释原因、提出解决方案，以争取甲方的理解和支持。
法律途径：
- 如果协商无果，乙方可以考虑通过法律途径维护自己的权益。乙方可以向法院提起诉讼，要求甲方返还被扣押的物资、赔偿损失等。在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据证明甲方的扣押行为违法或违约，以及自己因此遭受的损失。
四、建议与提醒
- 对于甲方：在合作项目纠纷中，应谨慎行使权利，避免擅自扣押乙方租赁的物资。如果确实需要采取措施保护自己的权益，应通过合法途径进行，如与乙方协商、向法院申请财产保全等。
- 对于乙方：在签订租赁合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约责任和争议解决方式的条款。在发生纠纷时，应及时与甲方沟通协商，并保留好相关证据以备不时之需。如果甲方的扣押行为给自己造成了损失，应及时通过法律途径维护自己的权益。
最后，合同纠纷的处理需要综合考虑合同约定、法律规定以及实际情况等多个因素。如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。