宝宝喝水杯放了三年，一般情况下仍然可以做亲子鉴定，但具体能否使用以及鉴定的准确性会受到多种因素的影响。以下从不同角度为你详细分析：

一、亲子鉴定的基本原理与样本要求

亲子鉴定主要是通过比对DNA序列来确定亲子关系。理论上，只要样本中能够提取到足够的、未被降解的DNA，就可以进行亲子鉴定。对于宝宝使用过的喝水杯，如果杯子上残留有宝宝的唾液、口腔黏膜细胞等，这些都可以作为DNA的来源。

二、样本保存时间对亲子鉴定的影响

1. DNA的稳定性：DNA在适当的保存条件下（如干燥、避光、低温）可以保持相对稳定，但长时间暴露在环境中，如高温、潮湿、光照等，可能会导致DNA的降解。
2. 样本保存情况：如果喝水杯在放置的三年里，一直处于干燥、避光、低温的环境中，且杯子上的样本未被污染或破坏，那么提取到足够DNA进行亲子鉴定的可能性较大。反之，如果杯子暴露在恶劣环境中，或者样本被污染、破坏，那么可能无法提取到足够的DNA，导致亲子鉴定无法进行或结果不准确。

三、实际操作中的考虑因素

1. 样本采集：在采集杯子上的样本时，需要确保采集到的是宝宝的DNA，而不是其他人的。这可能需要专业的采样工具和技术。
2. 实验室条件：亲子鉴定需要在专业的实验室进行，实验室需要具备提取、扩增和比对DNA的能力。同时，实验室的设备和试剂也需要保持一定的质量标准，以确保鉴定的准确性。
3. 鉴定机构的选择：选择一家具有资质、经验丰富的亲子鉴定机构至关重要。这样的机构通常具备更先进的设备和技术，能够更准确地提取和比对DNA，从而得出更可靠的鉴定结果。

四、建议与注意事项

1. 尽快鉴定：如果可能的话，建议尽快进行亲子鉴定，以减少样本保存时间对鉴定结果的影响。
2. 专业采样：在采集样本时，最好寻求专业人员的帮助，以确保样本的采集和保存符合鉴定要求。
3. 选择正规机构：务必选择一家具有资质、信誉良好的亲子鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。

总结来说，虽然宝宝喝水杯放了三年，但只要样本保存得当且未被污染或破坏，仍然有可能进行亲子鉴定。不过，为了确保鉴定结果的准确性和可靠性，建议尽快进行鉴定，并选择一家具有资质、经验丰富的亲子鉴定机构进行操作。如果你有进一步的疑问或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。