结论：即便双方已经协商好且钱款已还，银行卡仍可能被冻结，这通常与司法程序、债权人申请、银行政策或存在其他债务纠纷等多种因素有关。以下是对这一现象的详细解释：
司法程序未完全终结：
- 在某些情况下，即使双方已经就债务问题达成协议并且债务人已经履行了还款义务，但如果相关的司法程序（如诉讼、仲裁等）尚未完全终结，法院或仲裁机构可能仍会维持对银行卡的冻结措施，以确保判决或裁决的顺利执行。这通常发生在涉及较大金额或复杂法律关系的案件中。
债权人申请了诉前或诉中财产保全：
- 在诉讼或仲裁前或进行中，债权人可能为了防止债务人转移财产而向法院申请了财产保全措施，包括冻结债务人的银行卡。如果债务人虽然已经还款，但债权人未及时向法院申请解除保全措施，或者法院因程序原因未能及时处理解除申请，那么银行卡就可能继续被冻结。
银行政策或系统原因：
- 有时，银行卡的冻结可能与银行的内部政策或系统问题有关。例如，银行可能因系统升级、维护或错误操作而暂时冻结了某些账户。此外，如果债务人的账户存在异常交易或涉嫌洗钱等违法行为，银行也可能根据相关法律法规或内部规定对账户进行冻结。
存在其他债务纠纷或法律义务：
- 除了已经协商并解决的债务外，债务人可能还存在其他未解决的债务纠纷或法律义务。如果这些纠纷或义务涉及法院的执行程序，那么债务人的银行卡也可能因此被冻结。例如，债务人可能同时面临多个债权人的追索，或者因其他违法行为而被法院判决承担赔偿责任。
建议：
- 核实冻结原因：首先，您需要联系银行或相关司法机构，了解银行卡被冻结的具体原因。这有助于您确定下一步的行动方向。
- 提供还款证明：如果冻结是由于未履行的债务引起的，而您已经履行了还款义务，那么您应该向相关机构提供还款证明，以申请解除冻结。
- 咨询专业律师：如果冻结原因复杂或涉及法律纠纷，我建议您咨询专业律师，如我本人，以获取更具体的法律建议和帮助。我可以根据您的具体情况，分析冻结的合法性、合理性以及可能的解除途径，并帮助您制定相应的应对策略。
- 关注账户安全：在银行卡被冻结期间，您需要特别关注账户的安全问题。避免进行大额交易或敏感操作，以防账户被进一步滥用或损失扩大。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。