如果被冤枉贩毒，司法机关是会查清楚的。这主要基于以下几个方面的考虑：
司法机关的职责与原则：
- 司法机关，包括公安机关、检察机关和审判机关，其核心职责之一就是确保法律的正确实施，维护社会公平正义。在处理刑事案件时，它们必须遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，确保每一个案件都能得到公正、客观的处理。
- 对于贩毒这样的严重犯罪，司法机关更是会投入大量的人力、物力和精力进行调查取证，以确保案件事实的准确性和完整性。
证据的收集与审查：
- 在贩毒案件中，证据的收集是至关重要的。司法机关会通过多种手段，如现场勘查、物证检验、证人证言、犯罪嫌疑人供述等，来收集与案件相关的证据。
- 同时，司法机关还会对收集到的证据进行严格的审查，确保其真实性、合法性和关联性。如果证据存在瑕疵或疑问，司法机关会进一步调查核实，甚至可能排除该证据的使用。
犯罪嫌疑人的权利保障：
- 在刑事诉讼过程中，犯罪嫌疑人享有一系列的权利，如辩护权、申请回避权、申请取保候审权等。这些权利的保障有助于确保犯罪嫌疑人在案件处理过程中的合法权益不受侵犯。
- 如果犯罪嫌疑人认为自己被冤枉，他可以通过辩护律师提出无罪辩护，或者提供相关证据来证明自己的清白。司法机关会认真对待这些辩护意见和证据，并进行客观、公正的审查。
司法程序的严格性：
- 贩毒案件的处理必须遵循严格的司法程序，包括立案、侦查、起诉、审判等阶段。每个阶段都有明确的法律规定和程序要求，确保案件处理的合法性和公正性。
- 在审判阶段，法院会组织合议庭对案件进行审理，并听取控辩双方的意见和证据。如果法院认为案件事实不清、证据不足，它有权作出无罪判决或者要求检察机关补充侦查。
如果确实被冤枉贩毒，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 及时委托辩护律师：辩护律师是犯罪嫌疑人在刑事诉讼过程中的重要法律帮助者。他们可以提供法律咨询、代理申诉、控告、申请取保候审等服务，并帮助犯罪嫌疑人提出无罪辩护或者罪轻辩护。
- 积极配合司法机关的调查：虽然你可能认为自己被冤枉，但仍然需要积极配合司法机关的调查工作。这有助于司法机关更快地查明案件事实，还你一个清白。
- 保留相关证据：如果你有任何能够证明自己清白的证据，如不在场证明、物证等，都应该妥善保留并提交给司法机关。这些证据可能对你的案件处理产生重要影响。
如果最终被判定无罪，你还可以依法申请国家赔偿。根据《中华人民共和国国家赔偿法》的规定，对于错拘、错捕、错判的案件，受害人有权依法向赔偿义务机关提出国家赔偿申请。这可以在一定程度上弥补你因被冤枉而遭受的损失。
总之，如果被冤枉贩毒，司法机关是会查清楚的。你应该保持冷静，积极配合司法机关的调查工作，并及时委托辩护律师来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。