针对您因感情不和、长期分居并涉及两个孩子的离婚起诉书撰写问题，以下是一份详细且专业的指南：
一、起诉书的基本结构
标题：明确写为“离婚起诉状”。
当事人信息：
- 原告信息：包括姓名、性别、民族、出生日期、住址、身份证号码（如知晓）、联系电话及工作单位（如有）。
- 被告信息：同样包括姓名、性别、民族、出生日期、住址、身份证号码（如知晓）、联系电话及工作单位（如有）。
诉讼请求：
- 请求法院判决原、被告离婚。
- 明确两个子女的抚养权归属，可以具体要求由原告或被告抚养，并请求对方支付抚养费或共同承担抚养责任。抚养费金额需根据当地生活水平、孩子实际需求及双方经济状况合理确定。
- 如有夫妻共同财产，请求法院依法分割，并简述财产分配请求。
- 可提出其他合理请求，如探视权安排等。
事实与理由：
- 婚姻基本情况：客观简述双方结婚时间、地点，婚后生活概况，以及感情破裂的原因，如性格不合、长期分居等，并强调已无和好可能。
- 分居事实：明确指出分居的起始时间、原因，并强调因感情不和导致分居且已满两年（这是认定夫妻感情破裂的重要依据）。详细描述分居期间的生活状态，证明双方已长时间未共同生活。
- 子女情况：详细描述每个子女的年龄、健康状况、教育需求及目前与谁共同生活等信息。阐述为何自己或对方更适合抚养孩子，或说明共同抚养的可行性及计划，需考虑孩子的生活习惯、意愿以及双方的抚养能力。
- 财产分割理由：简要说明夫妻共同财产的构成（如房产、车辆、存款等），以及分割的依据和请求。
- 特殊情况说明：如有家庭暴力、虐待儿童等特殊情形，需在此部分详细说明并提供相关证据。
证据清单：
- 列出将提交的所有证据材料，包括但不限于结婚证、出生证明、财产清单、分居期间的通讯记录（如短信、邮件、社交媒体聊天记录等，以证明分居事实及感情破裂）、证人信息（如有目击者或了解情况的人）等，并简要说明每项证据的证明事项和来源。
尾部：
- “此致”部分应写明受诉法院的名称。
- 附项需注明起诉状副本的份数，一般按照被告人数加一份提供。
- 起诉人应亲笔签名，并注明起诉日期。
二、撰写时的注意事项
信息准确性：
- 确保所有个人身份信息和法律事实部分的准确性，避免任何错误或遗漏。
诉讼请求合理性：
- 抚养权的主张应结合实际情况，抚养费的金额要考虑当地生活水平、孩子的实际需求以及双方的经济状况等因素。
- 财产分割请求应明确具体，并附上相关依据，如购房合同、银行转账记录等。
客观真实陈述：
- 事实与理由部分要客观、真实，避免情绪化语言，突出导致夫妻感情破裂的关键因素，以及主张抚养权和财产分割的合理依据。
法律要求与地区差异：
- 根据当地法律规定，可能需要附上特定的表格或文件，如财务申报表、调解尝试证明等。在正式提交前，务必了解并遵守当地法律要求。
三、可能涉及的法律后果
离婚判决：
- 如果法院认定夫妻感情确已破裂，且无和好可能，将判决离婚。
子女抚养权与抚养费：
- 法院将根据子女的最佳利益原则，判决抚养权归属及抚养费支付事宜。抚养费一般支付至子女年满十八周岁或能独立生活为止。
财产分割：
- 法院将根据夫妻共同财产的实际情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行分割。
示例段落（事实与理由部分）：
“原告与被告于XXXX年XX月XX日登记结婚，婚后育有两子，长子XXX（出生日期：XXXX年XX月XX日），次子XXX（出生日期：XXXX年XX月XX日）。因性格不合及长期分居（自XXXX年XX月起至今），双方感情已彻底破裂，无和好可能。分居期间，原告独自承担子女抚养责任，被告未尽抚养义务。现原告请求法院判决离婚，并由原告抚养两子，被告按月支付抚养费XXXX元至子女年满十八周岁止。同时，请求法院依法分割夫妻共同财产（包括但不限于位于XXXX的房产一套、车牌号为XXXX的车辆一辆等）。”
希望这份指南能帮助您撰写出一份专业、合法且有效的离婚起诉书。在撰写过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。