刑事立案延期至六十日的计算方式需结合具体程序阶段及法律规定进行判断，通常涉及延长立案审查期限的情形及计算规则如下：

1. 立案审查阶段的延长规则
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第178条，公安机关接受案件后，经审查认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案；认为没有犯罪事实，或犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。
   对有控告人的案件，公安机关决定不予立案的，应在3日内制作《不予立案通知书》并送达控告人。若控告人对不予立案决定不服，可在收到通知书后7日内向作出决定的公安机关申请复议；公安机关应在收到复议申请后7日内作出决定，并书面通知控告人。
   若案件需要进一步调查核实（如涉及复杂线索、跨区域协作等），公安机关可延长立案审查期限，但需经县级以上公安机关负责人批准，且延长后总期限不得超过60日。此处的“60日”自公安机关接受案件之日起计算，包含原3日审查期及延长后的期限。

2. 特殊程序中的期限计算

   • 监察机关移送案件：若案件由监察机关调查后移送公安机关立案，公安机关的审查期限自收到移送案件之日起计算。若需延长审查期限，同样适用“60日”规则，但需注意监察程序与刑事程序的衔接时间不计入刑事立案审查期限。
     
   • 检察机关监督立案：若检察机关认为公安机关不立案理由不能成立，通知公安机关立案的，公安机关应在收到通知后15日内立案，并将立案决定书复印件送达检察机关。此情形不涉及“60日”延长规则，但若公安机关在15日内无法完成立案审查（如需补充调查），可与检察机关沟通说明情况，但法律未明确规定可再次延长。
     

3. 实务中的关键点

   • 批准程序：延长立案审查期限需经县级以上公安机关负责人批准，且需制作书面决定文件，确保程序合法性。
     
   • 告知义务：公安机关延长审查期限的，应及时告知控告人或报案人，避免因信息不对称引发争议。
     
   • 期限中断：若在审查期间发现案件需由其他机关管辖（如需移送检察院、国家安全机关等），期限自移送之日起中断，由接收机关重新计算审查期限。
     

总结：刑事立案延期至六十日的计算起点为公安机关接受案件之日，包含原3日审查期及经批准延长的期限，总期限不超过60日。若涉及监察机关移送、检察机关监督等特殊程序，需根据具体规定调整计算方式。实务中需严格遵守批准程序及告知义务，确保程序合法性。