针对您提出的“企业合同纠纷立案前已结清款如何处理”的问题，这是一个既涉及刑事法律也涉及民事法律层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、刑事法律角度
立案与否的影响：
- 在合同纠纷中，若涉及诈骗行为，且诈骗行为人在公安机关正式立案前主动归还了全部诈骗款项，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，若情节显著轻微、危害不大，可能不被认定构成合同诈骗罪，公安机关可能不予立案。
- 若诈骗行为已构成犯罪且达到追究刑事责任的标准，即便在立案前归还了财物，也应依法追究其刑事责任。但归还可作为量刑时的酌定从轻情节，根据《最高人民法院关于常见犯罪的量刑指导意见》，退赃、退赔行为可减少基准刑的30%以下。
归还财物的性质与法律效力：
- 归还财物体现了犯罪嫌疑人的认罪、悔罪态度，可视为一种积极的补救措施，有助于减轻刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。
法律程序走向：
- 处理此类问题时，法律程序可能走向不立案、撤销案件、不起诉或从轻、减轻处罚等方向，具体取决于退款行为、认罪态度、诈骗数额、社会危害程度及具体案情。
二、民事法律角度
减轻民事赔偿责任：
- 合同诈骗不仅涉及刑事犯罪，也引发民事侵权或违约问题。立案前归还钱款减轻了被害人的经济损失，相应减少了民事诉讼中的赔偿范围。
有利于民事纠纷的解决：
- 归还钱款有助于缓和双方矛盾，使得民事纠纷更易于通过协商、调解等方式解决，避免繁琐的诉讼程序，节省时间和精力成本。
三、具体处理建议
对行为人（即归还钱款的一方）：
- 立即行动：发现错误后应立即退赃，并保留转账凭证、沟通记录等证据。
- 补救措施：与被害人达成书面和解协议，并主动向经侦部门说明情况，提交退赃证明。
- 专业介入：聘请律师进行合规审查，评估自首、立功等法定从宽情节，以争取更轻的量刑。
对被害人：
- 证据固定：保存合同文本、付款凭证、沟通记录等基础材料，以备不时之需。
- 报案策略：即使收到退款，仍需及时报案，防止行为人转移资产或再次实施诈骗。
- 民事追责：若存在其他损失（如预期利益损失、维权成本等），可主张违约损害赔偿。
四、风险提示与法律边界
- 退赃≠免责：退赃不能消除犯罪事实本身，仅作为量刑考量因素。
- 时效问题：合同诈骗的追诉时效为15年（数额特别巨大情形），退赃不影响时效计算。
- 重复追责风险：退赃后仍可能面临行政处罚及民事赔偿诉讼。
综上所述，企业合同纠纷立案前已结清款的处理是一个涉及刑事与民事多个层面的复杂问题。在处理过程中，应严格遵循法律法规，并结合具体案情进行综合判断。若您或您的企业面临此类问题，建议及时咨询专业律师，以确保法律的公正与公平，并维护自身的合法权益。