结论前置：在有土地使用证的院内建房，并不一定合法，还需满足土地用途规划、城乡规划、建设审批程序以及其他相关部门的要求，并严格遵守相关法律法规。

详细分析如下：

1. 土地用途与规划要求：

   • 符合土地利用总体规划：土地利用总体规划对土地的开发、利用等作出了长远安排。若您的土地被划定为农用地（如基本农田），则严格限制非农业建设，包括建房。若违反此规定，将触犯《土地管理法》等相关法律，可能面临拆除、罚款等法律后果。
   • 符合城乡规划要求：城乡规划明确了建设活动的布局、规模等。在城市规划区内建房，需取得建设工程规划许可证等手续。未获许可的建房行为可能被视为违法建设，面临拆除、罚款等处罚。同时，自建房应遵守《村庄和集镇规划建设管理条例》，在村庄、集镇总体规划指导下进行。

2. 建设审批程序：

   • 取得建设工程施工许可证：建房前需向建设主管部门申请施工许可证，提交土地使用证、规划许可证等材料。审核通过后方可合法施工。未取得许可擅自开工属违法行为，可能面临停工、罚款等处罚。
   • 满足其他部门要求：根据项目性质，可能还需满足环保、消防、水利等部门要求。例如，环境影响评价、防火间距、防洪安全等。未获批准擅自建设将面临相应处罚，甚至可能被要求拆除。

3. 法律法规遵循：

   • 土地管理法规：依据《土地管理法》，农村村民一户只能拥有一处宅基地，面积不得超过规定标准。建房需符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划，不得占用永久基本农田。若违反这些规定，将面临法律处罚。
   • 规划建设法规：自建房应遵循《村庄和集镇规划建设管理条例》的规划要求，确保建设的合法性和合规性。同时，需注意建设工程质量、安全等方面的规定，避免因质量问题引发法律纠纷。

4. 后续产权办理：

   • 房屋建设完成后，需凭土地使用证和建设批准文件办理房产证，以确保房屋的合法产权。若未办理房产证，房屋可能面临无法交易、继承等法律风险。

法律建议：

• 在建房前，务必了解并遵守当地的土地利用总体规划和城乡规划要求，确保土地用途符合规定。
• 及时向相关部门申请建设工程施工许可证等手续，确保建房行为合法合规。
• 满足环保、消防、水利等部门的要求，确保建房项目符合各项标准。
• 房屋建设完成后，及时办理房产证，确保房屋的合法产权。

可能法律后果：

• 若未满足上述要求擅自建房，可能面临拆除、罚款等法律后果。
• 若因建房行为引发法律纠纷，可能面临诉讼、赔偿等风险。

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