结论：针对您描述的情况，您妻子作为贷款人，若大舅子的公司无力偿还贷款，您妻子将承担还款责任。为解决这一问题，可从明确贷款性质、收集证据、协商解决、法律途径等角度入手。以下为详细分析：
一、明确贷款性质与责任
个人名义贷款的责任：
- 您妻子以个人名义贷款40万，这意味着她是该笔贷款的合同相对方，即法律上的借款人。根据贷款合同的约定，她有义务按时偿还贷款本金及利息。
- 若大舅子的公司无力偿还，银行或贷款机构将首先向您妻子追讨贷款，因为她是合同上的借款人。
贷款用途与责任：
- 尽管贷款实际用于大舅子的公司运行，但这并不改变您妻子作为借款人的法律地位。贷款用途不影响借款合同的效力，也不改变借款人的还款责任。
二、收集证据以证明贷款实际使用人
证据收集：
- 您妻子应收集所有能证明贷款实际用于大舅子公司运行的证据，如转账记录、公司收据、贷款资金使用计划等。
- 这些证据有助于在后续协商或法律程序中，证明贷款的实际使用人并非您妻子，从而可能减轻她的还款责任或寻求其他解决方案。
证据的法律效力：
- 收集的证据需具有合法性、真实性和关联性，才能在法律程序中被采纳。
- 建议您妻子在收集证据时，咨询专业律师以确保证据的合法性和有效性。
三、协商解决
与大舅子协商：
- 您妻子可以与大舅子协商，要求他承担还款责任或提供其他解决方案，如提供担保、分期偿还等。
- 协商过程中，应明确双方的权利和义务，并尽可能达成书面协议以避免后续纠纷。
与银行或贷款机构协商：
- 若大舅子无法承担还款责任，您妻子可以尝试与银行或贷款机构协商，寻求延期还款、减免利息等解决方案。
- 协商时，应提供充分的证据证明贷款的实际使用情况，以增加协商的成功率。
四、法律途径
起诉大舅子：
- 若协商无果，您妻子可以考虑起诉大舅子，要求他承担还款责任。
- 起诉时，需提供充分的证据证明贷款实际用于大舅子的公司运行，且大舅子未履行还款义务。
法律程序与风险：
- 起诉大舅子将涉及法律程序，包括立案、审理、判决等阶段。
- 在法律程序中，您妻子需承担举证责任，并可能面临诉讼费用、时间成本等风险。
- 因此，在决定起诉前，应充分评估法律程序的风险和成本，并咨询专业律师的意见。
五、后续建议
加强风险意识：
- 在未来，您妻子应谨慎以个人名义为他人贷款，避免承担不必要的法律风险。
- 若确实需要为他人贷款，应明确双方的权利和义务，并尽可能签订书面协议以保障自身权益。
咨询专业律师：
- 针对当前情况，建议您妻子咨询专业律师以获取更具体的法律建议和解决方案。
- 专业律师可以根据具体情况提供针对性的法律意见，帮助您妻子更好地应对当前困境。
最后，希望以上分析能对您有所帮助。若您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。