若多起犯罪事实中部分未被起诉，可分以下情况处理：

1. 未起诉原因系证据不足或情节轻微
   根据《刑事诉讼法》第175条、第177条，检察机关对证据不足或情节轻微、危害不大的案件可作出不起诉决定。此时需重点审查：

   • 证据链是否完整（如物证、证人证言、监控录像等）；
     
   • 犯罪情节是否达到刑事立案标准（如盗窃金额是否达到“数额较大”）；
     
   • 是否存在自首、立功、认罪认罚等从宽情节。
     建议：若认为证据充分或情节严重，可向检察机关申请立案监督，或通过自诉程序追究（如侮辱、诽谤等轻微刑事案件）。

2. 未起诉事实与已起诉事实属同一案件但未并案处理
   若多起犯罪事实存在关联性（如连续盗窃、跨区域诈骗），但检察机关仅起诉部分事实，可能涉及：

   • 管辖权问题：不同地区司法机关对案件管辖存在争议；
     
   • 证据整合难度：部分事实证据尚未固定或需补充侦查；
     
   • 诉讼策略选择：检察机关可能分阶段起诉以降低证明难度。
     建议：要求检察机关说明未起诉理由，并申请并案处理；若案件已进入审判阶段，可向法院提出合并审理请求。

3. 未起诉事实涉及其他犯罪嫌疑人或独立案件
   若未起诉事实与其他人或独立案件相关（如共同犯罪中部分人未到案），可能因：

   • 在逃人员未归案：需等待抓捕后补充起诉；
     
   • 证据独立性不足：未起诉事实需依赖其他案件证据链支撑；
     
   • 追诉时效问题：部分犯罪可能已过法定追诉期限。
     建议：关注在逃人员抓捕情况，或向公安机关申请立案告知书；若涉及追诉时效，需结合《刑法》第87-89条评估是否仍可追诉。

4. 未起诉事实已通过行政处罚或民事赔偿处理
   若部分行为被认定为治安违法或民事纠纷（如轻微伤害调解赔偿），可能不再纳入刑事追诉范围。
   建议：审查行政处罚决定书或民事调解协议，确认是否涉及“一事不再罚”原则；若认为刑事责任未穷尽，可申请刑事复议或提起刑事自诉。

行动建议：

• 立即委托律师查阅案卷材料，重点分析《起诉意见书》《不起诉决定书》中未起诉事实的认定逻辑；
  
• 收集未起诉事实的补充证据（如证人证言、电子数据、鉴定意见），向检察机关提交《要求说明不起诉理由通知书》；
  
• 若案件进入审判阶段，可申请法庭调查未起诉事实，或通过“另案处理”机制推动追诉。
  

法律依据：

• 《刑事诉讼法》第175-177条（不起诉条件）；
  
• 《人民检察院刑事诉讼规则》第365-368条（补充侦查与不起诉）；
  
• 《刑法》第87-89条（追诉时效）。
  

如有具体案情或文书材料，可进一步提供分析。