在开庭时被告尚未搬离商铺的情况下，诉讼请求中的总费用合计需根据具体诉求类型及合同约定来综合计算，常见费用合计方式如下：

1. 若诉求包含租金及逾期占用费

   • 租金部分：按合同约定的租金标准计算至开庭日（或合同解除日），需提供租赁合同、租金支付记录等证据。
     
   • 逾期占用费：若合同明确约定“租赁期满或合同解除后，承租人逾期腾房的，应按租金标准的X倍支付占用费”，则按此标准计算至被告实际搬离日（或判决确定的搬离日）。若合同未约定，可参照租金标准或市场价主张，但需提供市场价评估报告等证据。
     
   • 合计方式：总费用=已到期未付租金+逾期占用费（按日计算至实际/判决搬离日）。

2. 若诉求包含违约金及实际损失

   • 违约金：按合同约定的违约金条款计算（如“逾期搬离的，每日按租金X%支付违约金”），但需注意违约金过高（超过实际损失30%）的，被告可能主张调减。
     
   • 实际损失：若违约金不足以覆盖损失（如因被告占用导致新租户流失、商铺闲置损失等），可另行主张实际损失，需提供损失证明（如新租赁合同、中介费发票等）。
     
   • 合计方式：总费用=违约金（若合理）+实际损失（需举证）。

3. 若诉求包含诉讼相关费用

   • 诉讼费：由法院根据案件标的额按比例收取，最终由败诉方承担（原告可预缴，判决后由被告支付）。
     
   • 律师费：若合同明确约定“败诉方承担对方律师费”，可主张；若无约定，一般需自行承担（部分地区对特定案件如知识产权纠纷支持律师费转付）。
     
   • 保全费、鉴定费等：因诉讼产生的合理费用（如财产保全申请费、商铺占用状态鉴定费），可一并主张。
     
   • 合计方式：总费用=上述费用之和（需提供发票、合同等证据）。

操作建议：

1. 固定证据：立即对商铺现状拍照、录像，记录被告占用事实；保存租金支付记录、合同、沟通记录等。
   
2. 明确诉求：在起诉状中写明费用计算方式（如“逾期占用费按租金2倍计算至实际搬离日”），避免模糊表述。
   
3. 申请先予执行：若被告占用严重影响商铺使用，可向法院申请先予执行，要求被告立即搬离并支付部分费用。
   

风险提示：若合同未约定逾期占用费标准，法院可能参照租金或市场价酌情判决，建议提前评估风险并补充证据。如有具体合同或证据材料，可进一步向我咨询细节。