结论：在交通事故自行协商后交警扣留行车证的行为是否合法及如何应对，需结合具体情况判断。以下分情况说明：

1. 若交警扣留行车证有合法依据
   根据《道路交通安全法》第72条及《道路交通安全违法行为处理程序规定》第29条，交警在调查交通事故时，可依法扣留机动车驾驶证（即行车证）的情形包括：

   • 事故涉及人员伤亡或重大财产损失，需进一步调查；
     
   • 当事人存在酒驾、毒驾、无证驾驶等违法行为；
     
   • 车辆存在未年检、未投保交强险等违规情形。
     应对建议：
     
   • 要求交警出具《行政强制措施凭证》，明确扣留依据、期限及救济途径；
     
   • 若扣留合法，需配合调查，待事故责任认定或违法行为处理完毕后，凭相关凭证取回行车证；
     
   • 对扣留行为有异议的，可在收到凭证后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

2. 若交警扣留行车证无合法依据
   若事故情节轻微、无违法行为或车辆合规，且双方已自行协商达成赔偿协议，交警无权扣留行车证。
   应对建议：

   • 现场要求交警说明扣留理由，并出示法律依据；
     
   • 若交警拒绝说明或理由不成立，可向其上级公安机关交通管理部门投诉（如交警支队督察大队）；
     
   • 保留协商记录、现场照片等证据，必要时通过法律途径要求返还行车证并赔偿损失。

3. 特殊情形：协商后需补办手续
   部分地区要求事故双方协商后需到交警部门备案，或提交《交通事故自行协商协议书》方可放行车辆及证件。若未履行备案程序，交警可能暂扣证件。
   应对建议：

   • 联系交警确认是否需补办备案手续；
     
   • 携带协商协议、身份证、行驶证等材料，配合完成备案后取回证件。

提示：行车证被扣留期间，车辆不得上路行驶，否则可能面临罚款、扣分甚至拘留的处罚。建议优先通过合法途径解决，避免激化矛盾。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。