被合并自然村集体土地补偿原则上仍属于原自然村集体所有，但在具体分配和归属上需结合土地性质、合并协议及地方政策综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 法律原则：集体土地所有权不变

根据《土地管理法》第十条，农村集体土地属于村农民集体所有，由村集体经济组织或村民委员会经营、管理。自然村合并后，原自然村的集体土地所有权不因行政合并而自动转移，仍归原自然村集体所有（即合并后的行政村内原自然村集体经济组织或村民小组）。
例外情形：若合并时通过法定程序（如村民会议表决、政府批准）明确约定土地归属行政村集体，则可能归属行政村。

2. 补偿对象：以土地权属为核心

土地补偿费是对集体土地所有权的补偿，因此补偿对象应为土地所有权人。若土地权属未变更，补偿款应分配给原自然村集体（如村民小组或原集体经济组织），再由其按民主议定程序分配给成员。
关键点：需核查土地权属证书（如《集体土地所有证》）或地方土地确权文件，确认土地是否仍登记在原自然村名下。

3. 合并协议的影响

自然村合并时，若签订了合并协议并明确约定土地归属（如“合并后土地归行政村集体所有”），则需按协议执行。但协议需符合以下条件才有效：

• 经原自然村村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意；
  
• 不违反法律强制性规定（如不得剥夺成员合法权益）；
  
• 报县级政府批准（部分地区要求）。

4. 地方政策与实践差异

部分地区为推进乡村振兴或简化管理，可能通过地方性法规或政策规定合并后土地统一归行政村管理。例如：

• 某些省份要求合并后成立新的集体经济组织，原自然村土地划归新组织；
  
• 少数地区直接将土地补偿款纳入行政村公共账户，用于公共设施建设。
  建议：查询当地《农村集体经济组织条例》或咨询自然资源部门，确认是否有特殊规定。

5. 成员权益保护

无论土地归属行政村还是原自然村，补偿款分配均需遵循民主议定程序（如村民会议表决），且不得侵犯成员合法权益。若成员认为分配方案违法，可：

• 向乡镇政府申请调解；
  
• 提起民事诉讼，要求撤销违法分配方案或确认份额。

总结：被合并自然村土地补偿的归属需以土地权属为基础，结合合并协议和地方政策综合判断。若涉及具体案件，建议提供土地权属证明、合并协议等材料，以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询细节。