关于承包土地上种树的赔偿问题，这主要取决于土地被征收或果树被破坏的具体情况，以下分情况详细说明：
一、政府合法征收土地的情况
若政府因公共利益建设等合理原因合法征收承包土地，且导致原本在土地上种植的果树需要被清理，那么赔偿通常包括以下几个方面：
土地补偿费：
- 定义：对农村集体经济组织因土地被征收而造成的经济损失进行补偿。
- 计算方式：通常按照被征地前三年平均年产值的一定倍数（如6-10倍）来计算。具体公式为：土地补偿费 = 被征地前三年平均年产值 × 补偿倍数。年产值依据当地统计部门审定的数据和物价部门认可的单价确定。
安置补助费：
- 目的：用于安置以土地为主要生产资料并取得生活来源的农业人口，确保其生活水平不降低。
- 计算方式：按需要安置的农业人口数计算，每人的安置补助费标准为该耕地被征收前三年平均年产值的4-6倍。但每公顷被征收耕地的安置补助费最高不得超过被征收前三年平均年产值的15倍。
地上附着物及青苗补偿费：
- 果树补偿：果树作为地上附着物，其补偿需根据果树的种类、树龄、生长情况、数量、大小及产值等因素综合评估确定。具体补偿标准由各地根据实际情况制定详细的分类补偿价格表。例如，某些地区可能根据果树的树龄和品种，设定每株果树的补偿金额范围。
二、他人非法破坏果树的情况
若因他人非法破坏在承包土地上种植的果树，则构成民事侵权行为。赔偿范围主要包括：
果树本身的价值损失：
- 考虑树龄、品种、产量等因素，按果树实际价值确定赔偿金额。这通常需要通过专业评估机构进行评估，以确定每株果树的市场价值。
预期收益损失：
- 若有证据证明因果树被破坏导致未来一定时期内预期收获的果实等收益无法实现，也应予以赔偿。这需要根据果树的生长周期、产量以及市场价格等因素进行综合计算。
三、特殊情况：基本农田上种植果树
若承包的土地为基本农田，且未经批准擅自种植果树，则属于违法行为。在此情况下，通常不涉及“赔偿”问题，但可能面临以下法律后果：
恢复原状的费用：
- 需承担将果树移除、恢复土壤肥力、重新种植符合规定农作物等所需的全部费用。
罚款：
- 根据违法行为的严重程度和当地法规，可能会受到一定数额的罚款。
若因政府合法征收或他人非法破坏导致损失：
- 仍按照上述政府合法征收或他人非法破坏的情况进行补偿或赔偿。
四、建议与注意事项
明确权属与承包关系：
- 确保土地的权属和承包关系清晰明了，并妥善保存承包合同等相关文件。这是后续维权的重要依据。
及时了解政策与程序：
- 主动与当地政府部门沟通，了解补偿政策和程序，以便在补偿过程中做到心中有数。特别是要关注当地政府发布的关于土地征收和果树补偿的具体政策文件。
保留证据：
- 在果树被破坏或土地被征收时，及时拍照、录像或寻求第三方见证，以保留相关证据。这有助于在后续维权过程中证明自己的损失和权益。
异议处理：
- 对补偿标准有异议时，可通过协商、申请行政复议或提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。在此过程中，建议寻求专业律师的支持和指导，以确保自己的权益得到充分保障。
总之，承包土地上种树的赔偿问题复杂多样，需根据具体情况综合考虑各项因素来确定赔偿内容和金额。在实际操作中，建议密切关注相关政策法规的变化，并积极与相关部门沟通协调，以确保自身权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。