结论：铁路穿过养殖小区是否需要赔偿，这主要取决于铁路建设是否对养殖小区造成了实际的损害或影响，以及这种损害或影响是否符合法律规定的赔偿条件。以下从不同角度进行分析：
一、法律框架与原则
物权保护原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权受到侵害的，权利人有权请求返还原物、排除妨害、消除危险、恢复原状或赔偿损失。若铁路建设对养殖小区的物权（如土地使用权、建筑物所有权等）造成了侵害，养殖小区的所有者或使用者有权要求赔偿。
公共利益与个人利益的平衡：
- 铁路建设通常属于公共利益项目，但在实施过程中，也需充分考虑对个人利益的合理保护。若铁路建设确实对养殖小区造成了不合理的损害，应依法进行赔偿。
二、具体赔偿情形
土地征收与补偿：
- 若铁路建设需要征收养殖小区的土地，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，包括土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。
环境污染与生态破坏赔偿：
- 若铁路建设或运营过程中对养殖小区造成了环境污染或生态破坏，如噪音污染、空气污染、水源污染等，影响了养殖小区的正常运营或造成了经济损失，养殖小区的所有者或使用者有权依据《中华人民共和国民法典》中关于环境污染和生态破坏责任的规定，要求赔偿。
相邻关系处理：
- 若铁路建设对养殖小区的相邻关系造成了影响，如影响了通风、采光、排水等，养殖小区的所有者或使用者也有权依据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，要求铁路建设方采取措施消除影响或赔偿损失。
三、赔偿程序与建议
协商与调解：
- 在发生损害或影响后，养殖小区的所有者或使用者应首先与铁路建设方进行协商，尝试通过友好方式解决赔偿问题。若协商不成，可以寻求第三方调解机构的帮助。
法律途径：
- 若协商和调解均无法达成一致，养殖小区的所有者或使用者可以向人民法院提起诉讼，要求铁路建设方承担赔偿责任。在诉讼过程中，应提供充分的证据证明铁路建设对养殖小区造成了实际的损害或影响。
专业咨询：
- 在处理此类问题时，建议养殖小区的所有者或使用者咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据具体情况，分析赔偿的可行性、赔偿范围及赔偿标准等，为养殖小区的所有者或使用者提供有力的法律支持。
总结与建议：铁路穿过养殖小区是否需要赔偿，需根据具体情况进行判断。若铁路建设对养殖小区造成了实际的损害或影响，且符合法律规定的赔偿条件，养殖小区的所有者或使用者有权要求赔偿。在处理此类问题时，建议保持冷静、理性，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。