结论概述：重药控股与强生创新制药深化合作，双方在合作中的权利义务界定需依据具体合作协议内容，结合《民法典》合同编相关规定进行明确。以下结合新闻背景，从合作协议的法律框架、权利义务的具体界定、合作中的法律风险及防范三个方面进行详细分析。

一、合作协议的法律框架

1. 合同成立与生效：双方的合作需以书面合同形式确立，合同自双方签字或盖章之日起成立并生效。合同内容应明确双方的合作目的、合作范围、合作期限、权利义务、违约责任等关键条款。

2. 合同类型：根据新闻背景，双方的合作可能涉及供应链合作、创新业务场景拓展、重点合作项目启动等多个方面，因此合同可能包含买卖合同、合作开发合同、服务合同等多种类型。不同类型的合同，其权利义务的界定和履行方式也有所不同。

二、权利义务的具体界定

1. 供应链合作：

   • 重药控股：作为医药流通企业，可能负责药品的采购、仓储、物流配送等环节，需确保药品的质量安全、及时供应，并按照约定向强生创新制药支付货款。
   • 强生创新制药：作为药品生产商，需确保药品的生产符合相关法律法规要求，提供合格的产品，并按照约定向重药控股提供技术支持、市场推广等协助。

2. 创新业务场景拓展：

   • 双方共同义务：需共同投入资源，进行市场调研、产品研发、模式创新等工作，共同承担风险，共享收益。
   • 具体分工：可能根据双方的优势和资源，明确各自在创新业务中的具体职责和分工，如重药控股负责市场推广和患者服务，强生创新制药负责产品研发和技术支持。

3. 重点合作项目启动：

   • 项目管理与执行：双方需成立项目组，明确项目负责人和团队成员，制定项目计划和时间表，确保项目按计划推进。
   • 权利义务分配：根据项目性质和目标，明确双方在项目中的权利义务，如资金投入、技术贡献、知识产权归属等。

三、合作中的法律风险及防范

1. 合同履行风险：

   • 风险点：一方可能未按约定履行合同义务，如延迟交货、支付货款等。
   • 防范措施：在合同中明确违约责任和赔偿方式，如约定违约金、赔偿损失等条款；加强合同履行过程中的监督和沟通，及时发现并解决问题。

2. 知识产权风险：

   • 风险点：在合作过程中可能产生新的知识产权，如专利、商标等，需明确其归属和使用方式。
   • 防范措施：在合同中明确知识产权的归属和使用条款，如约定共同所有、一方独有或按比例分配等；加强知识产权保护意识，及时申请专利、注册商标等。

3. 商业秘密保护风险：

   • 风险点：合作过程中可能涉及双方的商业秘密，如客户信息、技术资料等，需防止泄露。
   • 防范措施：在合同中明确商业秘密的保护条款，如约定保密义务、违约责任等；加强内部管理，限制商业秘密的接触范围和使用方式。

四、热点事件延伸思考

此次重药控股与强生创新制药的深化合作，不仅有助于双方在医药供应链、创新业务场景拓展等方面取得更大突破，也为整个医药行业的合作与发展提供了有益借鉴。然而，合作过程中也可能面临诸多法律风险和挑战，如合同履行、知识产权保护、商业秘密泄露等。因此，双方在合作过程中应加强法律意识，完善合同条款，加强风险防范和应对能力，确保合作的顺利进行和双方的共同利益。

总结与建议：重药控股与强生创新制药在深化合作过程中，应明确双方的权利义务关系，签订详细、全面的合作协议，并加强合同履行过程中的监督和沟通。同时，双方应增强法律意识，加强风险防范和应对能力，确保合作的顺利进行。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。