结论：水暖公司赔偿的1000元是否算在楼上赔偿内，需根据具体情况判断，包括楼上住户的过错程度、水暖公司的责任范围以及实际损失情况等。以下从不同角度进行分析：

1. 楼上住户的过错与责任：

   • 如果楼上住户因疏忽或故意行为（如未关闭水龙头、管道老化未及时维修等）导致楼下被淹，楼上住户应承担相应的赔偿责任。
   • 在确定楼上住户的赔偿金额时，应考虑楼下住户的实际损失，包括财产损失（如家具、电器损坏）和可能的间接损失（如因淹水导致的临时住宿费用）。

2. 水暖公司的责任：

   • 水暖公司如果因其提供的服务或产品存在缺陷（如管道安装不当、管道质量问题等）导致漏水，也应承担相应的赔偿责任。
   • 水暖公司赔偿的1000元，可能是基于其自身责任范围内的赔偿，也可能是与楼上住户协商后的共同赔偿的一部分。这取决于水暖公司与楼上住户之间的责任划分和协商结果。

3. 赔偿的分配与计算：

   • 如果楼上住户和水暖公司均存在过错，且过错程度相当，那么他们可能按照各自的责任比例分担赔偿金额。例如，如果楼上住户和水暖公司各承担50%的责任，且楼下住户的总损失为2000元，那么楼上住户和水暖公司各应赔偿1000元。在这种情况下，水暖公司赔偿的1000元可以视为其应承担的部分，不算在楼上住户的赔偿内（因为楼上住户也需承担1000元）。
   • 如果楼上住户承担主要责任，而水暖公司承担次要责任，那么赔偿金额的分配将根据各自的责任比例进行。例如，楼上住户承担70%的责任，水暖公司承担30%的责任，且楼下住户的总损失为2000元，那么楼上住户应赔偿1400元，水暖公司应赔偿600元。但水暖公司实际赔偿了1000元，这可能意味着水暖公司出于某种原因（如协商、人道主义等）多赔偿了400元。在这种情况下，水暖公司多赔偿的部分可能被视为对楼上住户赔偿的补充或替代，具体取决于双方之间的协商和约定。
   • 计算公式示例（假设楼上住户和水暖公司按责任比例分担赔偿）：
     • 楼下住户总损失：\(L\)
     • 楼上住户责任比例：\(P_1\)
     • 水暖公司责任比例：\(P_2\)（\(P_1 + P_2 = 1\)）
     • 楼上住户应赔偿金额：\(L \times P_1\)
     • 水暖公司应赔偿金额：\(L \times P_2\)
     • 若水暖公司实际赔偿金额超过其应赔偿金额，超出部分可能视为对楼上住户赔偿的补充或替代（具体取决于协商）。

4. 实际处理建议：

   • 在处理此类纠纷时，建议楼上住户、楼下住户和水暖公司三方进行协商，明确各自的责任和赔偿金额。
   • 如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
   • 在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据证明各自的责任和损失情况，以便法院或仲裁机构作出公正的裁决。

进一步思考：在实际操作中，赔偿的分配和计算可能受到多种因素的影响，如保险条款、合同约定、当地法律法规等。因此，在处理此类纠纷时，应综合考虑各种因素，确保赔偿的公平性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。