合同中明确约定附件的方式及注意事项如下：

1. 附件的明确标识与引用
   在合同正文中需明确标注附件的存在，通常采用“以下附件为本合同不可分割的组成部分”等表述，并逐一列明附件名称（如“附件一：《技术规格书》”“附件二：《交付清单》”）。若附件较多，可添加“详见附件清单”并附表格说明附件序号、名称、页码及生效条件。

2. 附件与合同主体的关联性条款
   需在合同中约定附件与正文的效力关系，例如：“附件内容与本合同正文冲突的，以正文约定为准；附件未约定事项，适用本合同通用条款。”此条款可避免因条款冲突引发的争议，同时明确附件的补充地位。

3. 附件的签署与生效规则
   若附件涉及核心权利义务（如技术标准、付款计划），建议要求双方在附件上单独签字或盖章，或在合同中注明“附件需经双方签章确认后生效”。对于动态更新的附件（如价格表），可约定“甲方有权单方更新附件内容，但需提前15日书面通知乙方”。

4. 附件的交付与保管义务
   合同中应明确附件的交付方式（如纸质版、电子版）、交付时间及保管责任。例如：“甲方应于合同签订后3日内向乙方交付附件一至附件三的纸质原件及电子版，乙方收悉后应出具签收单。”若附件遗失或损毁，可约定由责任方承担补制费用。

5. 附件的修改与解除限制
   需限制附件的随意变更，例如：“未经双方书面同意，任何一方不得单方修改附件内容；附件的解除需同时满足本合同第X条约定的解除条件。”此条款可防止一方通过修改附件规避合同义务。

实务建议：

• 若附件内容复杂（如技术图纸、数据报表），建议在合同中设置“附件验收条款”，明确验收标准、期限及异议期。
  
• 对于涉及商业秘密的附件，可单独约定保密义务及违约责任。
  
• 附件的页码应与合同正文连续编排，或单独标注“附件X（共Y页）”，避免页码混淆导致条款适用错误。
  

如有具体合同类型或附件内容需要进一步分析，可直接向我咨询。