针对您提出的问题，即司机开车撞树导致您和司机都受伤住院，能否使用医保报销医疗费用，这主要取决于交通事故的责任认定情况。以下是根据不同责任认定情况给出的详细解答：
如果您承担全部责任：
- 根据交通事故责任认定书，若您被认定为承担全部责任，那么在医疗机构通过外伤审核后，您可以在出院时使用医保进行结算。这意味着，您需要自行承担因事故导致的医疗费用，但可以通过医保来报销部分或全部费用，具体取决于您的医保政策和报销比例。
如果司机承担全部责任：
- 若司机被认定为承担全部责任，那么您的医疗费用不能使用医保结算。根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，应当由第三人（即司机）负担的医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。因此，司机的交强险及三者险应承担您的医疗费用。如果司机未购买三者险，或者赔偿费用超过了交强险、三者险的保障额度或保障范围，这部分费用就需要司机自行承担。
如果双方都需要承担责任：
- 若根据交通事故责任认定书，您和司机都需要承担责任，那么您可以根据承担的责任比例进行医保结算。这意味着，您和司机将按照各自的责任比例来分担医疗费用，您可以通过医保来报销您应承担部分对应的医疗费用。
如果通过法律途径确定责任比例：
- 如果交通事故的责任比例是通过法律途径（如法院判决）确定的，那么以法院判决文书为准。您需要根据法院判决的结果来确定是否可以使用医保以及报销的比例。
额外建议：
- 在处理此类事故时，建议您及时与保险公司联系，了解保险条款和报销流程，以便更好地维护自己的权益。
- 如果您对交通事故的责任认定有异议，可以及时向相关部门提出申诉或复议。
- 在购买车险时，建议您考虑购买足额的三者险以及附加三者医保外医疗费用责任险，以更好地保障自己和他人的医疗费用。
综上所述，能否使用医保报销医疗费用主要取决于交通事故的责任认定情况。希望以上解答能够帮助您更好地理解问题并做出决策。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。