结论前置：若因交警指挥而闯红灯被电子眼抓拍，您不必过于担心，这不属于违法行为，您有权通过申诉来撤销该违章记录。以下是具体的处理步骤和法律分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第四十四条的规定，机动车通过交叉路口时，应当按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通过。这意味着，在交警现场指挥的情况下，即使交通信号灯显示为红灯，您也应遵循交警的指挥通行，这并不构成违法行为。
二、处理步骤
收集证据：
- 行车记录仪视频：如果您的车辆安装了行车记录仪，应第一时间保存相关视频，确保视频清晰展示交警的指挥动作、信号灯状态及车辆行驶情况。
- 现场照片：如果可能，拍摄现场照片，包括交通信号灯、交警位置及其指挥动作，以辅助证明您是在交警指挥下通过路口的。
- 交警证明：若条件允许，向指挥的交警索要书面说明或记录其警号，以便后续核实情况。
准备申诉材料：
- 携带您的身份证、驾驶证、行驶证及处罚决定书的原件及复印件。
- 整理并打印出行车记录仪视频截图、现场照片等证据材料，形成完整的证据链。
提交申诉：
- 线上申诉：登录当地交警部门官网或使用相关APP，按照指引填写并提交申诉信息及材料。
- 线下申诉：携带准备好的材料前往作出处罚决定的交警大队违法处理窗口，填写申诉表并详细阐述情况。
等待审核与处理：
- 交警部门将对提交的材料进行审核调查，可能包括调取监控视频和与相关交警核实情况。
- 审核周期通常为数个工作日至十数个工作日不等，请保持通讯畅通以便及时接收审核结果通知。
处理结果：
- 申诉成功：违章记录将被撤销，您不会受到任何处罚。
- 申诉失败：若因证据不足或其他原因未能通过申诉，您会收到具体原因说明。此时，您可根据规定申请行政复议或提起行政诉讼。
三、注意事项
- 确保证据真实有效：提供的所有材料必须真实有效，能够清晰、准确地反映当时的情况。
- 积极配合调查：在处理过程中，应保持冷静并积极配合交通管理部门的调查工作。
- 了解申诉流程：不同地区的交通违章申诉流程可能存在差异，建议在进行申诉前查询当地相关规定或直接向我咨询。
四、后续行动
如果您对申诉结果有异议，可以向上一级交警部门申请复核，或依据法律程序进行行政复议或行政诉讼。在整个过程中，保持材料的真实性、完整性和合法性是申诉成功的关键。
总结：因交警指挥而闯红灯被拍后，您应及时了解违章详情、收集证据材料并按照法定程序提出申诉。只要证据确凿、程序合规，您就有很大机会成功撤销违章记录。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。