做假流水申请贷款未通过，已支付款项能否退回需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若款项性质为“贷款本金”或“预扣利息”
   根据《民法典》第六百七十一条及《贷款通则》第二十一条，贷款人不得预先扣除利息或变相收取未实际发放贷款的本金。若机构以“做流水”为由要求提前支付部分款项，但最终未放款，用户有权要求全额退还，否则可向银保监会或地方金融监管局举报，或通过诉讼主张返还。

2. 若款项性质为“服务费”“手续费”等

   • 合法服务场景：若机构能证明已提供实质性服务（如协助整理材料、咨询等），且收费标准符合市场合理范围，退款需按合同约定处理。若合同未约定或约定显失公平（如“不退还”条款），用户可主张撤销合同并要求退款。
     
   • 非法经营场景：若机构无金融牌照或以“做流水”为名实施诈骗（如虚构贷款产品、伪造审批流程），则涉嫌刑事犯罪。用户应立即报警，通过刑事追赃程序挽回损失，同时可向市场监管部门举报其非法经营行为。

3. 若款项性质为“保证金”或“押金”
   根据《民法典》第五百八十七条，债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回。若贷款未获批且非用户过错（如机构资质问题、政策变化等），机构应退还保证金；若因用户提供虚假材料导致合同解除，机构可依据合同约定扣除部分费用，但需举证损失实际发生。

风险提示与建议：

• 法律后果：伪造银行流水涉嫌违反《刑法》第二百八十条（伪造公司、企业印章罪），若被查实可能面临刑事处罚，同时贷款合同因欺诈可被撤销，用户需承担返还贷款及赔偿损失的责任。
  
• 维权路径：若机构拒绝退款，用户可收集转账记录、合同、沟通记录等证据，向当地银保监局、金融办或市场监管局投诉，或直接向法院起诉主张权利。
  
• 合规建议：贷款应通过正规金融机构申请，避免参与“包装流水”等灰色操作，以免陷入“钱贷两空”的困境。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我提供具体材料，我将结合事实与法律条款为您制定维权方案。