农业公司套取政府专项资金属于违法行为，需承担法律责任，具体处理方式需根据情节严重程度分情况讨论。以下从法律定性、可能后果及应对建议三个角度展开分析：
一、法律定性：套取专项资金可能涉及多项罪名
诈骗罪
若公司通过虚构项目、伪造材料等手段骗取资金，且数额较大（通常3000元至1万元以上），可能构成《刑法》第266条诈骗罪。例如：伪造土地流转合同、虚报种植面积等行为。
贪污罪/职务侵占罪
若公司工作人员利用职务便利，将专项资金非法占为己有（如通过虚开发票、套取现金等方式），可能构成《刑法》第382条贪污罪（国家工作人员）或第271条职务侵占罪（非国家工作人员）。
合同诈骗罪
若在申请资金过程中，以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中骗取财物，可能构成《刑法》第224条合同诈骗罪。
二、法律后果：根据情节轻重分层处理
行政处罚
- 追回资金：政府有权要求公司全额退还套取的专项资金。
- 罚款：根据《财政违法行为处罚处分条例》第14条，可处骗取金额10%-50%的罚款。
- 列入失信名单：公司可能被纳入财政资金使用“黑名单”，影响未来项目申报。
刑事责任
- 诈骗罪：数额较大的（3000元至1万元以上），处3年以下有期徒刑；数额巨大（3万元至10万元以上）或特别巨大（50万元以上），最高可处无期徒刑。
- 贪污罪/职务侵占罪：根据数额和情节，可处3年以下有期徒刑至死刑（贪污罪）或5年以下有期徒刑至无期徒刑（职务侵占罪）。
- 合同诈骗罪：数额较大的（2万元以上），处3年以下有期徒刑；数额巨大（20万元以上）或特别巨大（100万元以上），最高可处无期徒刑。
附加后果
- 法定代表人/直接责任人可能被禁止担任企业高管或从事相关行业。
- 公司可能面临吊销营业执照、行业禁入等处罚。
三、应对建议：分阶段处理风险
自查阶段
- 立即停止套取行为，封存相关财务资料（如合同、发票、银行流水等）。
- 委托律师或审计机构进行内部核查，明确资金流向及责任人员。
主动整改阶段
- 若尚未被立案，可主动向政府部门说明情况，退还资金并提交整改报告，争取从轻处理。
- 若已收到调查通知，需配合调查，避免销毁、伪造证据。
法律辩护阶段
- 若被刑事立案，需尽快委托律师介入，重点审查：
- 资金用途是否部分合法（如部分用于实际项目）；
- 主观上是否具有非法占有目的（如是否计划归还）；
- 是否存在单位犯罪与个人犯罪的区分（单位犯罪处罚可能更轻）。
温馨提示：农业专项资金通常涉及国家补贴、扶贫款等公共利益，监管力度较大。建议企业严格遵守资金使用规定，若已涉及风险，可携带相关材料直接向我咨询具体应对方案。