在刑事案件中，受害者在办案期间若不幸去世，其遗体在殡仪馆的处理主要遵循以下原则和程序，我将分情况详细说明：

1. 遗体的保存与费用承担
   受害者遗体通常会被送至殡仪馆保存，保存费用一般由办案机关（如公安局）或财政部门承担，尤其是当案件涉及刑事侦查时。若家属对死因有异议或案件尚未侦破，遗体可能会保存较长时间，直至案件终结或家属同意处理。
   法律依据：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，办案机关有义务保障与案件相关的证据（包括遗体）的完整性，因此费用通常由公款支付。

2. 家属的知情权与参与权
   家属有权知晓遗体的保存状态、存放地点及后续处理程序。若家属要求对遗体进行检验、鉴定（如尸检），需向办案机关提出申请，办案机关应依法安排。
   注意：若家属对死因无异议，可签署相关文件同意处理遗体；若有异议，需等待尸检结果或案件调查结论后再行处理。

3. 遗体的最终处理

   • 案件终结后：若案件侦破或法院作出判决，家属可凭生效法律文书（如判决书、结案通知书）向殡仪馆申请处理遗体（如火化、安葬）。
     
   • 无人认领或家属拒不处理：若长期无人认领或家属拒绝处理，殡仪馆可依据《殡葬管理条例》及地方规定，在公告期满后对遗体进行无害化处理（如火化），骨灰可保存或按无人认领遗体处理。

4. 特殊情况处理

   • 经济困难家属：若家属无力承担遗体处理费用（如火化费、骨灰盒费），可向当地民政部门申请社会救助或减免费用。
     
   • 涉外案件：若受害者为外籍人士，需遵循《外交特权与豁免条例》及国际惯例，通过外交途径协商处理遗体事宜。

总结：刑事案件受害者的遗体在殡仪馆的处理以保障案件侦查和尊重家属权益为原则，费用通常由公款承担，家属需配合办案机关完成相关程序后，方可处理遗体。若您遇到具体问题（如费用争议、处理程序受阻），可直接向我咨询，我会结合案件细节为您提供进一步建议。