关于“保密协议能否发工资流水”的问题，结论前置如下：
保密协议本身不直接涉及工资流水的发放：保密协议主要是用人单位与劳动者之间就保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项所达成的约定。它关注的是劳动者在任职期间及离职后一定期限内对用人单位商业秘密的保密义务，并不直接规定工资的发放方式或是否包含工资流水。
工资流水是工资支付的证明，与保密协议无直接关联：工资流水是银行或用人单位提供的，证明劳动者工资收入情况的凭证。它反映了劳动者在一定时期内从用人单位获得的工资报酬，是劳动者劳动成果的直接体现。保密协议的签订并不改变工资流水的性质或用途，也不影响工资流水的正常发放。
从不同角度进一步分析：
保密协议与工资支付的关系：
- 保密协议可能涉及经济补偿的支付，但这与工资流水是两个不同的概念。经济补偿是用人单位因劳动者承担保密义务而给予的额外报酬，它可能以工资形式支付，也可能以其他形式支付。但无论以何种形式支付，都需要在保密协议中明确约定，并且不影响工资流水的正常发放。
- 如果保密协议中约定了经济补偿以工资形式支付，那么用人单位在发放工资时，应确保工资构成中明确包含这部分经济补偿，并在工资流水中有所体现。但这并不意味着保密协议本身“发”工资流水，而是工资流水中包含了因保密协议而产生的经济补偿部分。
工资流水的发放要求：
- 根据相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，并提供工资清单或工资流水作为支付证明。这是用人单位的法定义务，与是否签订保密协议无关。
- 劳动者有权要求用人单位提供工资流水，以确认自己的工资收入情况。如果用人单位拒绝提供或提供的工资流水不真实、不完整，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
法律建议：
- 如果您作为劳动者，对工资流水或保密协议有任何疑问或担忧，建议首先与用人单位进行沟通，明确双方的权利和义务。
- 如果沟通无果或您认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。在处理此类纠纷时，保留好相关证据（如保密协议、工资流水等）至关重要。
可能涉及的法律后果：
- 如果用人单位未按时足额支付劳动者工资或拒绝提供工资流水，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。
- 如果劳动者违反保密协议中的保密义务，可能面临用人单位的索赔和法律责任。因此，双方都应严格遵守保密协议的约定，确保各自的权益得到保障。