针对您提出的“祖坟被占如何处理”的问题，这是一个涉及法律权益和家族情感的重要事项，需要谨慎且妥善地处理。以下是我为您提供的详细解答：

一、确认祖坟土地性质

首先，您需要确认祖坟所在土地的性质。这可以通过查阅土地承包合同、土地权属证明，或者向当地自然资源部门、村委会进行核实。了解土地是否为耕地、是否属于集体土地等，这是后续处理问题的关键基础。

二、查询村民建房手续

如果祖坟所在土地被村民占用建房，您需要向当地自然资源部门或乡镇政府查询该村民是否办理了合法的用地审批手续和建设规划许可。若未办理相关手续，其建房行为则属于违法建设，这为您后续维权提供了法律依据。

三、投诉与维权途径

1. 向自然资源部门投诉： 若村民擅自改变耕地用途、违法建房，您可以向当地自然资源部门投诉，要求其依法查处违法行为，责令村民停止建设、恢复土地原状。自然资源部门有责任对违法用地行为进行监管和处罚。

2. 考虑起诉维权： 如果投诉后问题仍未得到解决，或者您认为自己的合法权益受到了严重侵害，可以考虑通过法律途径起诉维权。在起诉前，建议您咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。

四、调解与协商

在处理祖坟被占问题时，调解与协商也是一种有效的解决途径。您可以尝试与占用祖坟的村民进行友好沟通，表达您的诉求和关切。如果双方能够达成一致意见，可以签订书面协议，明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷。

如果沟通无果，您可以寻求当地村委会、司法所或综治中心的帮助，请求他们组织双方进行调解。调解过程中，工作人员会依据相关法律法规和乡情民意，对双方进行思想劝导，帮助双方达成和解协议。

五、注意事项

1. 保持冷静与理性： 在处理祖坟被占问题时，请保持冷静与理性，避免情绪化行为导致矛盾激化。

2. 收集证据： 在投诉或起诉前，请尽可能收集相关证据，如土地权属证明、照片、视频等，以支持您的诉求。

3. 尊重法律与程序： 在处理问题时，请尊重法律与程序，不要采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。

综上所述，处理祖坟被占问题需要您确认土地性质、查询建房手续、通过投诉或起诉维权、尝试调解与协商，并注意保持冷静与理性、收集证据以及尊重法律与程序。希望这些建议能对您有所帮助。