调解协议部分有效部分无效的确认，主要依赖于人民法院对调解协议内容的审查，依据相关法律法规判断其是否符合无效情形。以下从多个角度详细分析：
一、确认调解协议部分无效的法律依据
根据《中华人民共和国人民调解法》及相关司法解释，人民法院在审查调解协议时，若存在违反法律法规等法定情形，将确认调解协议无效。这些无效情形包括但不限于：
违反法律强制性规定：调解协议内容不得与法律、行政法规的强制性规定相抵触，否则该部分内容无效。例如，若调解协议中涉及的土地流转方式违反了土地管理法的规定，那么该部分关于土地流转的约定就是无效的。
损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益：调解协议不得损害国家、集体、第三人利益或社会公共利益。如环境污染纠纷中，若调解协议约定的排污标准低于国家环保标准，损害了环境这一社会公共利益，那么该部分关于排污标准的约定就是无效的。
违背公序良俗：调解协议内容应符合社会公共秩序和善良风俗。如离婚调解中，若约定放弃探视权，这违背了伦理道德和公序良俗，因此该部分约定是无效的。
违反自愿原则：调解应基于双方自愿，若存在欺诈、胁迫等情形，导致调解协议并非双方真实意思表示，那么该协议或其中受欺诈、胁迫影响的部分是无效的。例如，以曝光商业机密相威胁迫使对方签订不利协议，该协议就是无效的。
内容不明确：调解协议应具体明确，以便履行。若内容模糊不清，无法确定权利义务关系，那么该部分内容可能因不明确而无效。例如，房屋租赁调解协议中未明确租赁期限、租金支付方式及金额，那么这些未明确的部分就可能被视为无效。
以合法形式掩盖非法目的：若调解协议表面看似合法，但实则隐藏非法目的，如为了逃避税收而签订虚假调解协议，那么该协议就是无效的。
二、确认调解协议部分无效的程序
申请司法确认：经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。人民法院应当及时对调解协议进行审查，依法确认调解协议的效力。
人民法院审查：人民法院在审查调解协议时，会依据上述无效情形进行判断。若发现调解协议存在部分无效的情形，人民法院将确认该部分无效，而调解协议的其他部分，如果符合法律、行政法规的规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，不违背公序良俗，且是双方自愿达成的，那么该部分仍然是有效的。
三、确认调解协议部分无效的法律后果
协议部分自始无效：被确认无效的部分调解协议从一开始就不具有法律效力，双方无需履行该部分内容。
恢复原状或采取补救措施：根据具体情况，当事人可能需要恢复到调解前状态或采取补救措施纠正不利影响。例如，若调解协议中关于财产分割的部分被确认无效，那么当事人可能需要重新协商财产分割方案或通过诉讼解决财产分割问题。
选择新的纠纷解决方式：
四、实际案例说明
假设在一起合同纠纷中，双方经过人民调解委员会调解达成了一份调解协议。协议中约定了违约金的支付方式和金额，但同时也约定了若一方违约，则另一方需放弃追究其法律责任的权利。后来，双方就调解协议的效力问题产生了争议，并共同向人民法院申请了司法确认。人民法院在审查过程中发现，关于放弃追究法律责任的权利的约定违背了公序良俗和法律法规的强制性规定（因为法律赋予了当事人追究违约责任的权利，不能通过调解协议随意放弃），因此确认该部分约定无效。而关于违约金的支付方式和金额的约定，如果符合法律法规的规定且是双方自愿达成的，那么该部分约定仍然是有效的。
综上所述，调解协议部分有效部分无效的确认需要依据相关法律法规和人民法院的审查结果来判断。当事人在签订调解协议时应当谨慎对待协议内容，确保协议合法、有效且符合双方的真实意思表示。若对调解协议的效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师并考虑通过司法途径解决。