药店药品被盗后，赔偿问题需根据具体情况确定责任主体及赔偿方式，主要分为以下两种情况：

1. 药店自身责任导致的损失
   若药品被盗是由于药店未尽到安全保障义务（如未安装监控、未锁门、未配备安保人员等），根据《民法典》第1198条，药店需自行承担部分或全部损失。此时赔偿路径为：

   • 内部核损：药店需通过进货单据、库存记录等证明被盗药品的价值；
     
   • 保险理赔：若药店投保了财产险或盗窃险，可向保险公司申请赔偿（需注意免赔额及理赔范围）；
     
   • 自行承担：未投保或保险不足部分，由药店自行承担损失。

2. 第三方责任导致的损失
   若盗窃行为由第三人实施（如顾客、外部人员盗窃），药店可依据《民法典》第1165条向侵权人主张赔偿：

   • 刑事追责：立即报警，由公安机关立案侦查，追缴被盗药品或折价赔偿；
     
   • 民事索赔：在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，或单独向法院起诉要求侵权人赔偿损失（需提供药品价值证据，如购买发票、市场价证明等）；
     
   • 特殊情形：若药店已尽到安全保障义务（如安装监控、配备安保），可减轻或免除自身责任，全部损失由侵权人承担。

补充说明：

• 若药店与第三方（如物业、安保公司）签订了服务合同，且对方未履行合同义务导致盗窃，药店可依据《民法典》第577条要求第三方承担违约责任。
  
• 实践中，药店需保留现场证据（如监控录像、报警记录、药品清单等），以支持赔偿主张。
  

建议：若药店未投保或损失较大，建议优先通过刑事程序追赃，同时准备民事诉讼材料；若已投保，及时联系保险公司并配合调查。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。