针对诊所敷贴未纳入进销存管理且已过去3年的情况，处罚需结合具体违法情节、地方性法规及行政机关的裁量权综合判断，可能面临警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿等处罚，具体分析如下：

一、法律责任的核心依据

1. 《医疗器械监督管理条例》
   若诊所敷贴属于医疗器械（如医用冷敷贴、医用敷料等），根据《条例》第四十七条，未建立并执行进货查验记录制度或未按规定建立销售记录的，由药品监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处5000元以上2万元以下罚款；情节严重的，责令停业直至吊销许可证。
   关键点：若3年内未被查处且无其他违法行为，可能被认定为“首次违法”或“情节轻微”，处罚可能从轻（如仅警告）。

2. 《药品管理法》
   若敷贴属于药品（如中药贴敷剂），根据《药品管理法》第一百三十条，未按规定记录购销记录的，责令改正，给予警告；情节严重的，吊销药品经营许可证。
   关键点：需结合敷贴是否属于药品范畴判断，实践中医疗器械与药品的界定可能存在争议。

3. 地方性法规或规章
   部分省份（如广东、江苏）在《医疗器械经营监督管理办法》实施细则中明确，未建立进销存记录的，罚款上限可提高至3万元，并可能没收违法所得。

二、处罚的裁量因素

1. 违法情节轻重

   • 情节轻微：首次违法、未造成危害后果、主动整改的，可能仅警告或罚款下限（如5000元）。
     
   • 情节严重：多次违法、拒不整改、敷贴质量有问题导致患者损害的，可能面临高额罚款、停业整顿甚至吊销许可证。

2. 追溯时效问题

   • 行政处罚的追溯期通常为2年（《行政处罚法》第三十六条），但若违法行为处于持续状态（如3年内一直未记录），则不受2年限制。
     实务中：若诊所3年前未记录且之后也未补录，可能被认定为“持续违法”，仍可处罚；若3年前未记录但后续已整改，可能从轻处理。

3. 主观过错程度

   • 故意隐瞒（如为逃避税务或监管）与过失未记录（如管理疏漏）的处罚力度不同，前者可能从重处罚。

三、实务建议

1. 立即整改：补全3年内的进销存记录，留存采购凭证、销售单据等证据，证明已纠正违法行为。
   
2. 主动配合调查：若已被立案，积极配合行政机关检查，避免被认定为“拒不改正”。
   
3. 申请听证或复议：若对处罚结果有异议，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

提示：具体处罚需以当地药品监督管理部门或市场监管局的调查结论为准，建议携带诊所资质、敷贴产品注册证、进销存凭证等材料，直接向我咨询以制定应对方案。