结论：个体工商户因租仓库发货被认定为异地经营而罚款4万元是否合理，需结合具体情况判断，但仅凭“租仓库发货”这一行为本身，并不必然构成异地经营，更不必然导致4万元的罚款。以下从法律角度详细分析：
一、异地经营的认定标准
根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关规定，异地经营通常指的是市场主体在其登记注册的住所（经营场所）以外的地方开展经营活动。对于个体工商户而言，若其登记注册的经营场所与实际经营场所不一致，且未依法办理变更登记或备案，可能被认定为异地经营。
关键点：
- 经营场所的变更：个体工商户若需变更经营场所，应依法向登记机关申请办理变更登记。
- 实际经营行为：仅租用仓库用于存储货物，并不直接等同于在该仓库开展经营活动。若仓库仅作为货物中转或存储地，而主要经营活动（如销售、发货指令的发出等）仍在登记注册的经营场所进行，则可能不构成异地经营。
二、罚款的合法性与合理性
合法性：
- 若个体工商户确实存在异地经营行为，且未依法办理变更登记或备案，市场监管部门有权依据相关法律法规对其进行处罚。
- 罚款的数额需符合《中华人民共和国行政处罚法》及相关市场监管法规的规定，不得超出法定幅度。对于异地经营的罚款，具体数额可能因地区、情节等因素而有所不同，但4万元的罚款需有明确的法律依据作为支撑。
合理性：
- 罚款的合理性需结合个体工商户的违法情节、社会危害程度等因素综合判断。若个体工商户的异地经营行为并未造成严重后果，或其已积极采取措施纠正违法行为，则过高的罚款可能显得不合理。
- 此外，市场监管部门在作出罚款决定时，应充分听取个体工商户的陈述和申辩，确保处罚决定的公正性和合理性。
三、建议与应对措施
核实处罚依据：
- 个体工商户应首先核实市场监管部门作出罚款决定的法律依据，包括相关法律法规的条款内容、罚款的幅度等。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 若个体工商户认为罚款决定不合法或不合理，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
积极沟通与协商：
- 在处罚决定作出前或执行过程中，个体工商户可积极与市场监管部门沟通，说明自身情况，争取从轻或减轻处罚。
合规经营：
- 为避免类似情况再次发生，个体工商户应确保自身经营活动的合规性，及时办理经营场所的变更登记或备案手续。
最后，若您对具体的处罚决定有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。