使用面包车运输甲醇，即便持有危化品经营许可证，也可能面临行政处罚，情节严重的甚至可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《危险化学品安全管理条例》第四十七条、第八十八条，运输危险化学品（甲醇属于第三类易燃液体）需使用专用车辆，且车辆需取得危险货物道路运输许可。若使用普通面包车运输，即使持有经营许可证，仍可能因“未取得道路危险货物运输许可擅自从事运输”被处罚，具体包括：
   
   • 由交通运输主管部门责令改正，没收违法所得；
     
   • 违法所得不足10万元的，处10万元以上20万元以下罚款；
     
   • 违法所得10万元以上的，处违法所得2倍以上10倍以下罚款；
     
   • 情节严重的，吊销危化品经营许可证。
     

此外，若面包车未配备安全防护设备（如灭火器、防泄漏装置）或未粘贴警示标志，还可能因违反《道路危险货物运输管理规定》被单独处罚。

1. 刑事责任层面
   若运输过程中发生泄漏、爆炸等事故，造成严重后果（如人员伤亡、重大财产损失），可能触犯《刑法》第一百三十三条之一【危险驾驶罪】或第一百三十六条【危险物品肇事罪】：

   • 危险驾驶罪：在道路上驾驶机动车追逐竞驶、超载超速，或违反危险化学品安全管理规定运输，危及公共安全的，处拘役并处罚金；
     
   • 危险物品肇事罪：因违反爆炸性、易燃性等物品管理规定发生重大事故，致人重伤、死亡或重大财产损失的，处三年以下有期徒刑或拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

2. 其他潜在风险

   • 保险公司可能以“违法运输”为由拒绝理赔；
     
   • 若涉及跨区域运输，还需符合《道路运输条例》中关于线路、时间的规定，否则可能面临叠加处罚；
     
   • 企业负责人若未履行安全管理职责，可能被追究行政责任甚至刑事责任。

建议：立即停止违规运输行为，改用符合标准的专用车辆，并确保驾驶员、押运员具备相应资质。若已受到处罚或面临调查，可进一步向我咨询具体应对方案。