政府代您在土地使用证相关文件上签字的行为，通常是不合法的。以下从几个方面为您详细分析：
一、法律原则与规定
自愿原则：在民事法律行为中，包括土地使用权的确认和登记，都应当遵循自愿原则。这意味着，任何涉及您个人权益的法律行为，都应当由您本人亲自作出意思表示，或者由您明确授权的代理人代为作出。政府未经您同意，擅自代您签字，显然违反了这一原则。
行政程序合法性：政府在行使行政权力时，必须严格遵守法定程序。土地使用证的办理，涉及到对土地使用权的确认和登记，是一项重要的行政行为。政府在办理过程中，应当确保所有程序合法、合规，包括确保相关文件的签字是真实、有效的。政府代签行为，缺乏合法依据，属于程序违法。
二、可能产生的法律后果
土地使用证效力问题：由于政府代签行为违反了自愿原则和行政程序合法性，因此，该土地使用证可能存在效力瑕疵。在后续的法律纠纷中，该土地使用证可能无法作为有效的权属证明，从而影响您的合法权益。
行政责任与赔偿：政府代签行为如果给您造成了损失，您有权要求政府承担相应的行政责任，并赔偿您的损失。这包括但不限于因土地使用证效力问题导致的经济损失、因政府行为导致的额外费用支出等。
三、建议与措施
核实情况：首先，您需要核实政府代签的具体情况，包括代签的文件、时间、地点等。这有助于您更准确地了解问题的全貌，为后续的维权行动提供依据。
与政府沟通：在核实情况后，您可以尝试与政府相关部门进行沟通，表达您的异议和诉求。要求政府纠正错误，重新办理土地使用证，并确保所有程序合法、合规。
寻求法律帮助：如果与政府沟通无果，或者您认为政府的行为已经严重侵犯了您的合法权益，您可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
提起行政诉讼：在必要时，您可以向人民法院提起行政诉讼，要求法院确认政府代签行为违法，并撤销或变更相关的土地使用证。这是维护您合法权益的最后一道法律屏障。
总结来说，政府代您在土地使用证相关文件上签字的行为是不合法的。您有权要求政府纠正错误，并维护自己的合法权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。