欠款后签订仅还一部分的协议，在符合法律规定和双方真实意思表示的情况下，是有效的。以下从不同角度为你详细分析：
协议有效的法律基础
意思自治原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在欠款纠纷中，债权人和债务人可以就还款金额、还款期限等事项进行协商，并达成书面协议。只要该协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。
合同成立与生效：协议作为合同的一种形式，其成立和生效需要满足一定的条件。一般来说，合同成立需要双方当事人意思表示一致，且内容具体确定。而合同生效则需要满足法律规定的生效要件，如行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等。在欠款后签订仅还一部分的协议中，只要双方具备相应的民事行为能力，协议内容真实合法，且不违反法律或行政法规的强制性规定，该协议就应当认定为有效。
协议可能无效的情形
存在欺诈、胁迫等情形：如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了协议，那么该协议可能被认定为无效。例如，债务人以暴力、威胁等手段迫使债权人签订仅还一部分的协议，或者债权人利用债务人的困境或无知，以欺诈的方式诱使债务人签订不公平的协议。
协议内容违法或违背公序良俗：如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该协议也可能被认定为无效。例如，协议中约定了高利贷等违法内容，或者约定了损害社会公共利益的内容。
协议有效后的法律后果
债务人需按协议履行：一旦协议被认定为有效，债务人就需要按照协议约定的金额和期限履行还款义务。如果债务人未能按时履行还款义务，债权人可以依据协议向法院提起诉讼，要求债务人承担违约责任。
债权人放弃部分债权：在签订仅还一部分的协议时，债权人实际上放弃了部分债权。这意味着债权人不能再就这部分被放弃的债权向债务人主张权利。但是，如果债务人未能按照协议履行还款义务，债权人仍然可以就剩余未偿还的债权向债务人主张权利。
实际操作建议
签订书面协议：为了确保协议的效力，建议双方签订书面协议，并明确约定还款金额、还款期限、违约责任等事项。这样可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
保留相关证据：在签订协议和履行还款义务的过程中，双方应当保留好相关证据，如转账记录、收据、聊天记录等。这些证据可以在发生纠纷时证明双方的真实意思表示和履行情况。
及时咨询律师：如果在签订协议或履行还款义务的过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
如果你在欠款纠纷中签订了仅还一部分的协议，并担心其效力或后续履行问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议和帮助。