公司被认定虚开250万发票，将面临严重的法律后果，需根据具体情况采取相应措施。以下从法律后果、应对措施及预防建议三个角度进行详细分析：
一、法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 在您的情况下，虚开金额高达250万，远超行政处罚的金额上限，因此公司很可能面临顶格的50万元罚款，并没收违法所得。
刑事责任：
- 虚开发票行为若构成犯罪，将依据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的规定追究刑事责任。虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
- 虽然您提到的是“虚开250万”，但需明确这是指发票金额还是税款金额。若指税款金额，则已达到“数额巨大”的标准，公司及相关责任人员可能面临更严厉的刑事处罚。若指发票金额，则需根据具体税率计算税款数额，以确定是否构成犯罪及犯罪情节的轻重。
信用惩戒：
- 虚开发票行为还会影响公司的信用记录，可能导致公司在税务、银行、工商等多个部门被列入黑名单，影响公司的正常经营和融资活动。
二、应对措施
立即停止虚开行为：
- 公司应立即停止一切虚开发票的行为，避免事态进一步恶化。
配合税务机关调查：
- 公司应积极配合税务机关的调查工作，如实提供相关资料和证据，争取从轻或减轻处罚。
寻求法律帮助：
- 公司应尽快咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合适的应对策略。律师可以协助公司分析案情、准备证据材料、参与谈判和诉讼等。
整改与合规：
- 公司应对内部财务管理和发票开具流程进行全面整改，确保今后合法合规经营。这包括加强员工培训、完善内部控制制度、建立合规审查机制等。
三、预防建议
加强法律意识：
- 公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，确保员工了解虚开发票的法律后果和严重性。
完善内部控制：
- 公司应建立健全的内部控制制度，加强对发票开具、财务报销等关键环节的审核和监督，防止虚开发票行为的发生。
定期自查与审计：
- 公司应定期进行自查和审计工作，及时发现和纠正存在的问题和隐患，确保公司财务和税务的合规性。
综上所述，公司被认定虚开250万发票将面临严重的法律后果，包括行政处罚、刑事责任和信用惩戒等。因此，公司应立即停止虚开行为、配合税务机关调查、寻求法律帮助并进行整改与合规。同时，公司还应加强法律意识、完善内部控制和定期自查与审计，以预防类似事件的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。