在刑事案件中，如果存在同案犯未归案的情况，司法机关会遵循既定的法律程序和原则来处理，以确保司法的公正与效率。以下是对这一问题的详细解答：

一、对已归案犯罪嫌疑人的处理不受影响

首先，需要明确的是，同案犯未归案并不阻碍对已归案犯罪嫌疑人的依法处理。司法机关会根据案件的实际情况和现有的证据状况，对已归案的人员作出相应的处理。

二、持续追捕未归案同案犯

1. 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关对于应当逮捕而在逃的犯罪嫌疑人，有权发布通缉令，并采取有效措施进行追捕。

2. 实施措施：公安机关会运用各种侦查手段和技术措施，如调查取证、追踪线索、布控抓捕等，全力以赴地追捕未归案的同案犯。同时，公安机关还会不断完善整个案件的证据链条，以确保后续的法律程序能够顺利进行。

三、对已归案犯罪嫌疑人的具体处理方式

1. 犯罪事实清楚、证据确实充分的情况：

   • 如果已归案的犯罪嫌疑人犯罪事实清楚，证据确实、充分，公安机关会将其移送检察院审查起诉。
   • 检察院在审查起诉过程中，会重点审查现有证据能否证明已归案犯罪嫌疑人参与了共同犯罪及其具体行为、责任大小。
   • 法院受理案件后，会对已归案的被告人进行正常审理，并依据法律和事实作出判决。在庭审过程中，会详细调查和辩论被告人的犯罪行为、情节及与其他未归案同案犯的关系。对于未归案的同案犯，法院会在起诉书或判决中标明“另案处理”。

2. 犯罪事实无法查清的情况：

   • 如果因同案犯在逃导致犯罪事实无法查清，公安机关可能会报请延长侦查羁押期限，以便有更多时间进行侦查和追捕。
   • 根据案件的具体情况，公安机关也可能对在案犯罪嫌疑人变更或解除强制措施，如取保候审、监视居住等。

四、分案处理与补充侦查

1. 分案处理：在侦查阶段，如果已归案的犯罪嫌疑人犯罪事实清楚、证据确实充分，而追捕未归案同案犯需要较长时间，公安机关可能会考虑将案件分案处理。即先将已查明事实的部分移送检察院审查起诉，以便及时对已归案的犯罪嫌疑人进行法律制裁。

2. 补充侦查：检察院在审查起诉过程中，如果发现现有证据存在薄弱环节或与未归案同案犯相关的事实对认定已归案人员犯罪情节、罪责有较大影响，可能会要求公安机关进行补充侦查。公安机关会根据检察院的要求，进一步收集和完善证据。

五、案件结案与后续处理

1. 案件结案：即使部分犯罪嫌疑人未归案，只要已归案犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，法院可以依法对案件进行结案处理。这意味着已归案的犯罪嫌疑人将受到法律的制裁。

2. 后续处理：对于未归案的犯罪嫌疑人，一旦其被追捕归案，将立即启动相应的法律程序，包括侦查、起诉、审判等。同时，已结案的相关案件也可能因新证据的出现或未归案犯罪嫌疑人的归案而重新开启审查程序。

综上所述，当刑事案件中存在同案犯未归案的情况时，司法机关会依法对已归案犯罪嫌疑人进行处理，并确保追捕工作的持续进行。在处理过程中，司法机关会严格遵循法律程序和原则，以确保司法的公正与效率。