摩托车京B牌照进入市区，属于违反禁令标志指示的违法行为，通常会被处以罚款并扣分。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚标准
   根据《北京市实施〈中华人民共和国道路交通安全法〉办法》第九十三条第三项规定，驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示的，处100元罚款，并记3分。京B牌照摩托车因政策限制（如五环路以内道路限行）进入市区，即构成此类违法行为。

2. 执法方式与证据固定
   若被电子警察抓拍，系统会记录车辆违法时间、地点、车牌号等信息，并生成违法记录。车主可通过“交管12123”APP或交警部门查询具体违法信息，包括抓拍照片、视频等证据。

3. 特殊情形说明

   • 临时通行需求：若因特殊原因需进入市区（如医疗急救、抢险救援等），需提前向交管部门申请临时通行证，否则仍属违法。
     
   • 误入情形：若因道路施工、导航错误等客观原因误入限行区域，需及时向交警说明情况，但通常仍需接受处罚，但可尝试通过行政复议或诉讼主张减免责任（需提供充分证据）。

4. 后续处理建议

   • 接受处罚：收到违法通知后，需在15日内通过“交管12123”APP或指定银行缴纳罚款，逾期可能产生滞纳金。
     
   • 行政复议或诉讼：若对处罚有异议，可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或在6个月内直接向法院提起行政诉讼，主张撤销或变更处罚决定。

温馨提示：京B牌照摩托车车主应严格遵守限行规定，避免因违法进入市区导致不必要的经济损失和扣分。如有特殊通行需求，建议提前规划路线或申请临时通行证。