在原告举证合同系被告签字，而被告否认签名真实性的情况下，一般应由被告申请对签名真实性进行鉴定。以下从不同角度为你详细分析：

从举证责任分配的角度

在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。原告已经提供了合同作为证据，主张合同上的签名是被告所签，此时原告已经完成了初步的举证责任。而被告否认签名的真实性，这就相当于被告提出了一个新的主张，即合同上的签名并非自己所签。根据举证责任分配规则，被告需要对自己提出的这一主张承担举证责任，所以应当由被告申请对签名真实性进行鉴定。例如，在一个买卖合同纠纷案件中，原告拿出有被告签名的合同，要求被告支付货款，被告却称合同上的签名不是自己签的，那么被告就有责任去申请鉴定来证明自己的说法。

从鉴定申请的实践操作角度

由被告申请鉴定也有其合理性。因为鉴定是为了反驳原告的主张，被告作为反驳方，更清楚自己是否签过字，也更有动力去推动鉴定程序的进行。如果由被告申请鉴定，被告可以自行选择有资质的鉴定机构，并且积极配合鉴定工作，提供相关的比对样本等。而且，如果鉴定结果不利于被告，被告也更容易接受这个结果，因为这是自己主动申请鉴定的。相反，如果由原告申请鉴定，被告可能会以各种理由不配合，导致鉴定程序难以顺利进行，影响案件的审理效率。

特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况。如果原告有证据证明被告持有能够证明签名真实性的证据，而被告无正当理由拒不提供，此时原告可以申请对签名真实性进行鉴定。比如，原告有证据表明被告曾经使用过与合同上签名相似的笔迹签署过其他文件，且该文件由被告保管，但被告拒绝提供，那么原告就可以申请鉴定。另外，如果法院认为有必要，也可以依职权主动委托鉴定机构对签名真实性进行鉴定。不过，这种情况相对较少，法院一般会尊重当事人的处分权，优先让当事人自行申请鉴定。

法律建议：如果遇到这种情况，被告应当及时向法院提出鉴定申请，并按照法院的要求提供相关的比对样本等材料，积极配合鉴定工作。同时，要注意选择有资质、信誉好的鉴定机构，以确保鉴定结果的公正性和准确性。如果对鉴定结果有异议，可以在规定的时间内向法院提出重新鉴定的申请。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律帮助。