关于“在编在岗证明是否可以只盖主管部门的章”这一问题，这通常取决于具体的使用场景和接收证明的单位或机构的要求。不过，我可以根据一般情况和公章使用的常规原则，为您提供一些分析和建议。
首先，我们需要明确“在编在岗证明”的用途。这类证明通常用于证明某人在某个单位或机构中正式在职，并享有相应的编制待遇。因此，证明的真实性和权威性至关重要。
接下来，我们分析公章的作用。公章是单位或机构对外行使权力、承担责任的重要标志，具有法律效力。在证明文件上加盖公章，意味着单位或机构对该文件内容的认可和负责。
现在，针对您的问题：
如果接收证明的单位或机构有明确要求：
- 如果接收方明确要求证明文件必须加盖单位公章（而非仅主管部门章），那么您必须按照要求加盖单位公章，否则证明可能被视为无效。
如果接收证明的单位或机构没有明确要求：
- 在这种情况下，您可以考虑与接收方沟通，了解他们是否接受仅加盖主管部门章的证明。如果接收方表示接受，并且主管部门章在您的单位或机构内部具有足够的权威性和认可度，那么您可以只加盖主管部门章。
- 但需要注意的是，即使接收方表示接受，为了确保证明的权威性和真实性，如果可能的话，最好还是加盖单位公章。因为单位公章通常具有更高的法律效力和更广泛的认可度。
从公章管理的常规原则出发：
- 根据公章使用的常规原则，重要文件（如证明、合同等）通常应加盖单位公章，以确保其真实性和权威性。
- 主管部门章虽然在其管辖范围内具有一定的权威性，但在对外行使权力或承担责任时，其效力可能不如单位公章。
综合建议：
- 在没有明确接收方要求的情况下，为了确保证明的权威性和真实性，建议您尽量加盖单位公章。
- 如果确实只能加盖主管部门章，并且接收方表示接受，那么请确保主管部门章在您的单位或机构内部具有足够的权威性和认可度，并考虑在证明文件中注明相关情况，以减少可能的误解或纠纷。
- 无论加盖哪种章，都请确保公章的使用符合您单位或机构的公章使用管理规定，避免违规使用带来的法律风险。