宅基地证丢失且存在登记错误的情况下，您仍然可以通过法律途径维护权益，但需要分步骤处理。以下从不同角度为您详细分析：

一、宅基地证丢失的法律后果及补救措施

1. 证件丢失不影响实体权利
   宅基地使用权的核心依据是土地登记档案，而非证书本身。根据《不动产登记暂行条例》第三十三条，即使证书遗失，只要土地登记信息完整，您仍可通过申请补发证书恢复权利证明。
   建议：立即向当地不动产登记中心申请补办，需提交身份证明、宅基地历史使用证明（如村委会证明、1999年原始登记档案复印件等）。

2. 登记错误（少写1米）的修正途径
   若1999年登记时存在面积误差，属于登记错误。根据《民法典》第二百二十条，您可申请更正登记：

   • 材料要求：提供原始权属来源证明（如建房审批文件、分家协议等）、测绘报告（证明实际面积）、村委会或邻居的书面证言；
     
   • 流程：向不动产登记机构提交更正申请→登记机构核查→公告无异议后修正。
     注意：若邻居对更正有异议，可能引发行政诉讼，需准备充分证据。

二、无证或证件错误时的诉讼策略

1. 确认宅基地使用权的诉讼
   若补办或更正登记受阻，您可直接起诉要求确认使用权：

   • 被告：不动产登记机构（行政诉讼）或侵权方（民事诉讼）；
     
   • 证据：1999年证书（即使有误仍可证明历史登记情况）、土地使用费缴纳凭证、长期居住证明等；
     
   • 结果：法院可能判决登记机构履行更正职责，或直接确认您的使用权范围。

2. 相邻权纠纷的应对
   若“少写1米”导致邻居侵占，可单独提起相邻权诉讼：

   • 请求：排除妨碍、恢复原状或赔偿损失；
     
   • 关键证据：现场照片、测绘图、村委会调解记录等。

三、实务风险与预防建议

1. 时效问题
   宅基地纠纷一般不受诉讼时效限制，但若涉及赔偿请求，需在知道权利受损后3年内主张（《民法典》第一百八十八条）。

2. 证据固定

   • 立即委托专业机构对宅基地进行测绘，固定实际面积；
     
   • 收集所有能证明使用历史的材料（如水电费单据、农业补贴记录等）。

3. 行政程序优先
   诉讼是最后手段，建议先通过行政途径解决：

   • 向乡镇政府国土所申请协调；
     
   • 申请县级自然资源部门复查登记结果。

总结：您的情况完全可以通过法律途径解决，但需分“补证→更正登记→诉讼”三步走。建议优先联系当地不动产登记中心咨询补办流程，同时整理1999年证书、历史使用证据等材料。如有具体操作疑问，可进一步向我提供细节，我会为您制定详细方案。