结论：有限责任公司自然人独资一般不需要做受益人备案，但在特定情形下可能涉及相关信息披露或登记要求。以下从不同角度展开分析：

1. 常规情形：无需备案

根据《中华人民共和国公司法》及相关登记管理规定，自然人独资的有限责任公司（即一人有限责任公司）在设立时，只需在工商登记部门提交股东（即唯一自然人）的身份信息、出资情况等基本资料，无需单独进行“受益人备案”。
公司的受益人通常指实际享有公司权益的主体（如通过股权控制、协议安排等间接获得利益的人），而自然人独资公司的股东直接持有100%股权，权益归属明确，因此法律未强制要求额外备案受益人信息。

2. 特殊情形：可能涉及信息披露或登记

尽管无需“备案”，但在以下场景中，自然人独资公司的股东或实际控制人信息可能需要披露或登记：

• 反洗钱监管要求：若公司涉及金融业务（如支付、融资等），或股东为金融机构重点监控对象（如政治敏感人物、受制裁人员等），根据《反洗钱法》及金融监管规定，需向监管部门披露实际受益人信息（通常为股东本人）。
  
• 税务合规要求：在跨境投资、税收协定适用等场景中，税务机关可能要求公司说明“实际受益所有人”（Beneficial Owner），以确定税收待遇。此时需提供股东身份证明及控制关系证明。
  
• 公司变更或注销：若公司发生股权变更（如自然人股东将股权转让给其他主体），或办理注销登记时，需在工商系统中更新股东信息，间接涉及受益人信息变更。

3. 实务建议

• 保持信息透明：即使无需备案，自然人独资公司也应妥善保存股东身份证明、出资凭证等文件，以备监管检查或纠纷处理。
  
• 关注行业监管：若公司从事特殊行业（如金融、教育、医疗等），需提前了解行业对受益人信息披露的具体要求，避免合规风险。
  
• 及时更新信息：若股东身份或控制关系发生变化（如通过代持协议间接控制公司），建议主动向工商部门说明情况，避免后续纠纷。

如有进一步疑问（如具体行业监管要求、股权代持合规性等），可直接向我咨询，我会结合具体场景为您详细解答。