虚假作废公司营业执照，相关责任主体可能承担行政责任、刑事责任以及民事赔偿责任，具体如下：
行政责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关行政法规，公司营业执照是公司合法经营的凭证，任何伪造、涂改、出租、出借、转让或作废营业执照的行为，均属于违法行为。
- 对于虚假作废公司营业执照的行为，市场监管部门有权对责任主体进行行政处罚，包括但不限于警告、罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。罚款的数额会根据违法行为的严重程度和造成的后果来决定，可能从数千元到数十万元不等。
刑事责任：
- 如果虚假作废公司营业执照的行为情节严重，触犯了《中华人民共和国刑法》的相关规定，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪等，责任主体可能面临刑事追究。
- 根据刑法的规定，伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
民事赔偿责任：
- 虚假作废公司营业执照还可能对公司的债权人、股东、员工等利益相关者造成损失。例如，因营业执照作废导致公司无法正常经营，进而无法履行合同义务，给债权人造成经济损失的，责任主体可能需要承担民事赔偿责任。
- 民事赔偿的范围通常包括直接经济损失和间接经济损失，具体数额会根据实际损失情况来确定。
在处理此类案件时，还需注意以下几点：
- 责任主体的确定：虚假作废公司营业执照的责任主体可能是公司本身，也可能是公司的法定代表人、直接负责的主管人员或其他直接责任人员。具体责任主体需要根据案件事实和法律规定来确定。
- 证据的收集与固定：在追究责任主体的法律责任时，需要收集并固定相关证据，如虚假作废的营业执照、相关交易记录、证人证言等。这些证据将对于证明责任主体的违法行为和造成的后果至关重要。
- 法律程序的遵循：在追究责任主体的法律责任时，需要遵循相关的法律程序，如行政处罚程序、刑事诉讼程序等。确保程序的合法性和正当性，是维护法律权威和保障当事人合法权益的重要前提。
建议：
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规，妥善保管公司营业执照，避免发生丢失、被盗或作废等情况。
- 一旦发现公司营业执照被虚假作废，应立即向市场监管部门报告，并配合相关部门进行调查和处理。
- 对于涉及虚假作废公司营业执照的违法行为，应及时向公安机关报案，以便追究相关责任主体的法律责任。
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