涂改后的协议是否有效，主要取决于涂改的方式以及是否经过双方协商一致。以下是具体分析：

1. 双方协商一致涂改：

   • 效力判断：如果合同双方当事人经过协商，对协议进行涂改，并在涂改处签字、盖章或按手印等方式予以确认，表明双方就协议变更达成了一致的意思表示，那么涂改后的协议是有效的，涂改部分也具有法律效力。例如，在合作协议中，双方协商一致延长合作期限，并在修改处签字确认，此时涂改后的协议有效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条规定，当事人协商一致，可以变更合同。这一规定同样适用于协议，因为协议本质上也是合同的一种形式。

2. 单方擅自涂改：

   • 效力判断：如果一方当事人未经对方同意，擅自对协议进行涂改，那么涂改的部分不发生法律效力，原协议仍然有效。因为这种擅自涂改的行为违背了协议订立应遵循的平等、自愿、协商一致的原则，没有体现双方的共同意思表示。例如，在借款协议中，一方私自提高借款利率并涂改协议，另一方不认可该涂改内容，那么该涂改部分无效，双方仍应按照原协议约定的利率履行。

3. 涂改对协议整体的影响：

   • 情况说明：如果协议涂改导致协议整体意思表示不清晰、无法准确判断双方权利义务，或者影响到协议的主要条款和履行（如金额、时间等核心内容），有可能引发协议履行的争议，甚至可能导致协议无法继续履行。
   • 处理方式：在这种情况下，当事人可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式来解决纠纷，确定协议的效力和双方的权利义务。

4. 特殊情况下的涂改：

   • 有些协议中可能会明确禁止任何形式的涂改，或者对协议的变更有特定的程序要求。在这种情况下，即使双方协商一致进行涂改，但如果未按照协议约定的程序进行，涂改也可能被认定为无效。例如，协议中明确规定“本协议的任何变更须以书面形式由双方另行签订补充协议”，则双方仅在原协议上进行涂改而未签订补充协议时，涂改的内容可能不具有法律效力。

建议与提醒：

• 为避免后续纠纷，建议在签订协议时尽量保持协议的完整性和准确性，避免涂改。
• 如果确实需要修改协议内容，应确保双方协商一致，并按照规定的方式（如签字、盖章或按手印）对修改内容进行确认。
• 如果协议中有关于修改程序的特定约定，务必遵照执行，以确保涂改的合法性和有效性。

综上所述，涂改后的协议是否有效需根据具体情况进行判断。在实际操作中，应严格遵守法律法规和协议约定，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。