运输违禁书籍的处罚部门主要取决于违禁书籍的性质以及运输的具体情境，但一般来说，主要由公安机关负责处罚。以下是从不同角度的详细分析：

1. 违禁书籍的性质：

   • 如果违禁书籍涉及国家安全、社会稳定、淫秽色情、恐怖主义等严重违法内容，那么运输这类书籍将构成严重的违法行为。在这种情况下，公安机关将作为主要的执法部门，负责调查、取证和处罚。
   • 如果违禁书籍主要是侵犯知识产权（如盗版书籍）或违反出版管理规定，那么除了公安机关可能介入外，文化市场综合执法机构、新闻出版行政部门等也可能根据具体情况参与处罚。

2. 运输的具体情境：

   • 如果是在国内运输违禁书籍，且数量较大或情节严重，公安机关将依据相关法律法规进行处罚，可能包括罚款、没收违禁物品、拘留甚至刑事追究。
   • 如果是在跨境运输违禁书籍，除了国内公安机关的处罚外，还可能涉及海关的监管和处罚。海关有权对进出口货物进行检查，发现违禁书籍将依法进行扣留、没收或退回，并可能对相关责任人进行处罚。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，运输、携带、邮寄、贩卖淫秽物品或者传播淫秽信息的，将受到治安管理处罚。
   • 如果违禁书籍涉及更严重的犯罪行为，如走私、贩卖毒品等，那么将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行刑事追究。

建议与后果：

• 建议：为了避免不必要的法律风险和损失，建议不要运输任何违禁书籍。如果确实需要运输书籍，请确保书籍内容合法合规，并遵守相关的运输规定和程序。
• 后果：如果违反规定运输违禁书籍，将可能面临严重的法律后果，包括罚款、没收违禁物品、拘留甚至刑事追究。这些后果不仅会对个人造成经济损失和声誉损害，还可能对家庭和社会产生不良影响。

如果您在运输书籍过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。