核心结论：在三人合伙但公司形式为有限责任公司（自然人独资）的情况下，若发生安全事故，责任承担需根据具体情况分析，但通常公司以其全部财产对债务（包括因安全事故产生的赔偿）承担责任，股东（即自然人独资的出资人）在特定情况下可能需承担连带责任。
详细分析：
公司责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 在有限责任公司中，公司的债务（包括因安全事故产生的赔偿债务）原则上应由公司以其全部财产来承担。
股东责任：
- 在自然人独资的有限责任公司中，股东通常以其出资额为限对公司承担责任。然而，如果股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产，根据《中华人民共和国公司法》第六十三条，股东应当对公司债务承担连带责任。
- 在安全事故的情况下，如果股东无法证明公司财产与个人财产的独立性，且公司财产不足以赔偿事故损失，那么股东可能需要用其个人财产来承担剩余赔偿责任。
合伙人的额外责任（如存在合伙协议或特定情况）：
- 虽然公司形式为有限责任公司，但如果三人之间存在合伙协议，且协议中规定了特定情况下合伙人需承担额外责任（如因某合伙人的过失导致事故，其他合伙人需承担连带责任等），则需根据合伙协议的具体内容来确定。
- 另外，如果某合伙人在安全事故中存在故意或重大过失，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，该合伙人可能需承担相应的侵权责任。
法律建议：
- 对于公司：应确保公司财产与股东个人财产的独立性，定期进行财务审计，并保留相关证据，以避免在发生安全事故时股东被要求承担连带责任。
- 对于股东：应严格遵守公司法规定，不滥用公司法人独立地位和股东有限责任，避免将公司财产与个人财产混同。
- 对于所有合伙人：如果存在合伙协议，应明确各合伙人在安全事故中的责任分担方式，并在协议中约定相应的违约责任和赔偿机制。
可能后果：
- 如果公司财产不足以赔偿安全事故损失，且股东无法证明公司财产与个人财产的独立性，股东可能需要用其个人财产来承担剩余赔偿责任。
- 如果某合伙人在安全事故中存在故意或重大过失，该合伙人可能需承担相应的侵权责任，并可能面临其他合伙人的追偿。
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