结论：停薪留职的合法性需根据具体情况判断，并非所有情况下都合法。以下从不同角度进行分析：

1. 停薪留职的合法性基础

   • 法律依据：我国现行劳动法律法规中，并未明确规定“停薪留职”这一制度。停薪留职更多是基于企业与员工之间的协商一致而达成的特殊安排。因此，其合法性主要取决于双方是否达成合意，以及该安排是否违反法律法规的强制性规定。
   • 协商一致原则：如果员工与企业就停薪留职达成一致，并签订了书面协议，明确双方的权利和义务，那么这种安排在法律上通常是有效的。但需要注意的是，协议内容不得违反法律法规的强制性规定，如不得侵犯员工的基本权益（如最低工资保障、社会保险缴纳等）。

2. 员工不想来上班与停薪留职的关系

   • 员工意愿：员工不想来上班，并不直接等同于可以停薪留职。停薪留职需要双方协商一致，并签订书面协议。如果员工单方面拒绝上班，而企业未与其协商并达成停薪留职协议，那么企业不能单方面决定停薪留职。
   • 企业应对措施：面对员工不想来上班的情况，企业应首先与员工进行沟通，了解原因并尝试解决问题。如果员工确实因个人原因无法继续工作，企业可以与其协商解除劳动合同或安排其他合适的解决方案（如调岗、休假等）。在未经协商一致的情况下，企业不得擅自停薪留职或采取其他损害员工权益的措施。

3. 停薪留职可能涉及的法律风险

   • 劳动争议风险：如果停薪留职协议内容不明确或违反法律法规，可能引发劳动争议。例如，协议中未明确停薪留职的期限、待遇、社会保险缴纳等事项，或者协议内容侵犯了员工的基本权益，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
   • 行政处罚风险：如果企业擅自停薪留职或未按照法律法规规定为员工缴纳社会保险等费用，可能面临劳动行政部门的处罚。例如，劳动行政部门可以责令企业补缴社会保险费用、支付拖欠的工资等，并可能对企业处以罚款等行政处罚。

4. 建议与措施

   • 协商一致：如果企业与员工确实需要停薪留职，应确保双方协商一致并签订书面协议。协议内容应明确、具体、合法，并符合双方的利益需求。
   • 遵守法律法规：企业在停薪留职期间应遵守相关法律法规的规定，如按时为员工缴纳社会保险费用、保障员工的基本权益等。
   • 及时沟通：企业应与员工保持及时沟通，了解员工的想法和需求，以便及时调整停薪留职方案或采取其他合适的解决方案。

总结：停薪留职的合法性取决于双方是否协商一致并签订书面协议，以及该安排是否违反法律法规的强制性规定。面对员工不想来上班的情况，企业应首先与员工进行沟通并尝试解决问题，而不是擅自停薪留职。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。